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Gene Panel流程的并行设计与优化研究

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随着二代测序技术的快速发展,基因数据的增长速度已超过了摩尔定律,基因数据分析工具逐渐无法满足如此大规模的数据分析需求.一方面,基因数据分析工具大多仍为串行执行,无法有效地利用多核结构提升性能并导致计算资源的严重浪费;另一方面,由于前期设计和开发的局限性,分析工具所依赖的底层算法库不能兼顾高性能与友好的用户接口.本文面向Gene Panel分析流程(1)设计并实现了一套全新的并行Gene Panel基因数据分析流程,通过数据并行和任务并行两种主要并行手段并结合负载均衡等其他优化方法,有效地提升了多核平台的资源利用率,并获得了5～7x的整体加速比;(2)设计并实现了一种接口友好的高性能基因数据分析底层库HCC.由于相似的算法特征,本文的优化方法同样适用于除Gene Panel外的其他测序流程.

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来源
《2017年全国高性能计算学术年会》|2017年|1-10|共10页
会议地点合肥
作者
Wang Yuanrong; 王元戎; Zeng Ping; 曾平; Zang Dawei; 臧大伟; Tan Guangming; 谭光明; Sun Ninghui; 孙凝晖;
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作者单位

中国计算机学会;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类 TP311.13;
关键词
数据分析; Gene Panel流程; 并行设计; 负载均衡; 底层库;
入库时间 2022-08-17 10:13:01

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