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高通量测序数据中家蚕环形RNA的筛选与鉴定

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基于环行RNA的结构特征和形成特点，开发了一个环行RNA预测软件，该软件可以从去除rRNA的总RNA高通量测序数据中预测环形RNA的存在。利用该预测软件分析家蚕数据库中去核糖体总RNA高通量测序数据，预测了300多个家蚕体内可能存在的环形RNA基因片段，这些潜在的环行RNA基因的剪切边界中都符合AG和GU特征，进一步实验验证，对选择的预测环形RNA进行相对引物和相反引物的PCR鉴定，与相应基因组对照的PCR结果进行比较，环行RNA基因的相对和相反引物都能够扩增出预期的目的条带。PCR鉴定阳性的环形RNA进一步进行Northern Blotting鉴定。同时，生物信息学分析表明，这些环行RNA存在大量的家蚕microRNA结合位点。通过实验检测结合生物信息学方法，在家蚕中成功鉴定了大量环形RNA分子，对研究环形RNA分子在家蚕中的基因调控功能打下基础。

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来源
《华东六省一市生物化学与分子生物学学会2014年学术交流大会暨浙江省第十一届学会会员代表大会》|2014年|47|共1页
会议地点浙江温州
作者
陈肖; 周雍; 厉妍昱; 郝悦帆; 盖威; 朱红琳; 盛清; 吕正兵; 聂作明;
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作者单位

浙江省生物化学与分子生物学学会;

安徽省生物化学与分子生物学学会;

福建省生物化学与分子生物学学会;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类蚕的生理、遗传、生态、生物物理、生物化学;
关键词
家蚕; 环形核糖核酸; 结构鉴定; 高通量测序数据;

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