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粗柄羊肚菌转录组的SSR分布和序列特征分析

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基于第二代转录组测序技术,对采集自河南省新郑市的粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)M10菌株进行了深度转录组测序,分析了全转录组简单重复序列SSR(simple sequence repeat)分布和序列特征.结果表明:1)总计检测到13044个SSR位点,分布在8851条Trinity genes中,SSR在转录组序列中的平均密度为2067.77bp/个,远高于其他真菌,其中2858条Trinity genes中包含超过1个SSR位点,复合型SSR位点1925个.2)单碱基重复基元最多,为8600个,其中A/T重复类型远高于C/G重复类型,与多数大型真菌相同;其次是三碱基重复基元,为2497个,其中ACC/GGT,AGC/CTG和AGG/CCT重复类型占60％以上,且明显以GC的高频概率出现,在SSR分子标记或其他重复序列多态性标记的开发上,可优选富含GC的SSR设计引物.

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来源
《2018第三届全国羊肚菌大会》|2018年|38-43|共6页
会议地点云南香格里拉
作者
LIU Wei; 刘伟; CAI Ying-li; 蔡英丽; HE Pei-xin; 何培新;
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作者单位

中国菌物学会;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类马鞍菌;
关键词
粗柄羊肚菌; 遗传标记; 转录组测序; 简单重复序列;
入库时间 2022-08-17 11:15:19

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