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DNA序列中基于后继数组索引的LPR查找算法

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DNA序列中的重复片段在人类基因研究中有着非常重要的生物意义,因此,查找给定DNA序列中的重复片段是生物序列分析领域中的一个重要课题.基于重复片段的模式提出了新的重复片段定义LPR(largest pattern repetition)和模式单元的概念.对于长度为n的DNA序列,其中的LPR的数量是O(n)数量级的,但提供了与个数可多达n2/4的tandem repeat相同的重复片段信息.基于模式单元设计了可用于重复片段查找的全新索引--后继数组.后继数组有效地降低了索引空间,很好地突破了重复片段查找中的索引空间瓶颈.在后继数组上,通过模式单元可发现构成LPR的全部原子模式,并通过判断相同模式是否在原序列中连续出现完成LPR的查找.理论分析和实验结果均表明,设计的LPR查找算法的时间和空间复杂度均为O(n).

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来源
《第二十三届中国数据库学术会议（NDBC2006）》|2006年|195-199|共5页
会议地点广州
作者
王镝; 王国仁; 吴青泉; 上海宝信软件股份有限公司; 陈白尘; 赵毅; 毛克明;
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作者单位

中国计算机学会;

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会议组织
正文语种
原文格式 PDF
中图分类信息处理（信息加工）;
关键词
DNA序列; 重复片段; LPR; 模式单元; 后继数组;

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