3种血浆游离DNA提取方法的比较

摘要

目的:分别应用3种方法进行血浆游离DNA(Cell-free DNA,cfDNA)的提取,从而判定与筛选最佳的血浆cfDNA提取方法.方法:采集19例健康人血浆标本,针对每一样本取350μl血浆分别应用酚-氯仿-异戊醇法、酚-氯仿-异戊醇配合微量DNA助沉剂法和介孔纳米磁珠法3种方法进行cfDNA提取,应用紫外分光法测定提取cfDNA的含量与纯度,应用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)方法以提取血浆cfDNA为模板扩增GAPDH基因片段.结果:应用3种方法从19例350μl血浆样本中提取的血浆cfDNA含量分别为(4709.71±2858.63)ng/ml、(9162.29±4716.43) ng/ml、(7458.57±3706.83) ng/ml,OD260/OD280值分别别为1.01±0.13、1.16±0.09、0.89±0.19,GAPDH基因扩增成功率为100%.结论:酚-氯仿-异戊醇配合微量DNA助沉剂法提取量大,纯度高,所提取的血浆cfDNA可以为qPCR提供模板,进行后续实验.

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