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首页> 外文会议>Advances in bioinformatics and computational biology >Mapping HIV-1 Subtype C gpl20 Epitopes Using a Bioinformatic Approach
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Mapping HIV-1 Subtype C gpl20 Epitopes Using a Bioinformatic Approach

机译：使用生物信息学方法定位HIV-1亚型C gpl20表位

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Human Immunodeficiency Type-1 subtype C (HIV-1C) is rapidly diverging among populations causing more than 48% of infections worldwide. HIV-1C gp120's 128 sequences available at Genbank were aligned and submitted to phylogenetic analysis. Three major clusters were identified: 72 sequences aligned with a Brazilian 0072eference sequence; 44 sequences aligned with an Ethiopian sequence and 12 could be group along with Indian isolates. A search was made for conserved HIV-1C cytotoxic T lymphocyte (CTL) epitopes to A~*0201, A~*0301, A~*1101 e B~*07 human leukocyte antigen (HLA) alleles (using Epijen software). Five most conserved epitopes were recognized: QMHEDIISL, CTHGIKPVV, NLTNNVKTI, AITQACPKV, CTRPNNNTR. Our results showed a recognized evolutionary force of HIV-1 to escape from CTL responses mutating sites that can be negatively select by host's immune system. The present study brings up a new approach to in silico epitope analysis taking into account geographical informations on virus diversity and host genetic background.
机译：人类免疫缺陷性1型C亚型（HIV-1C）在人群中迅速分化，导致全世界48％以上的感染。将Genbank上的HIV-1C gp120的128个序列进行比对，并进行系统发育分析。确定了三个主要簇：与巴西0072参考序列比对的72个序列；与埃塞俄比亚序列比对的44个序列和与印度分离株一起的12个可以分组。搜索了保守的HIV-1C细胞毒性T淋巴细胞（CTL）表位对A〜* 0201，A〜* 0301，A〜* 1101 e B〜* 07人白细胞抗原（HLA）等位基因的影响（使用Epijen软件）。识别出五个最保守的表位：QMHEDIISL，CTHGIKPVV，NLTNNVKTI，AITQACPKV，CTRPNNNTR。我们的研究结果表明，公认的HIV-1进化力可以逃脱CTL反应突变位点，而宿主的免疫系统可能会对这些位点做出负面选择。本研究提出了一种新的计算机电子表位分析方法，其中考虑了有关病毒多样性和宿主遗传背景的地理信息。

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