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【24h】

Agent-Supported Protein Structure Similarity Searching

机译：代理支持的蛋白质结构相似性搜索

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摘要

Searching for similar proteins through the comparison of their spatial structures requires efficient and fully automated methods and become an area of dynamic researches in recent years. We developed an algorithm and set of tools called EAST (Energy Alignment Search Tool). The EAST serves as a tool for finding strong protein structural similarities in a database of protein structures. The similarity searching is performed through the comparison and alignment of protein energy profiles received in the computational process based on the molecular mechanics theory. This representation of protein structures reduces the huge search space. In order to accelerate presented method we implemented it with the use of Multi Agent System (MAS). This significantly improved the efficiency of the search process. In the paper, we present the complexity of the search process, the main idea of the EAST algorithm and brief discussion on the advantages of its implementation as MAS.
机译：通过比较相似蛋白质的空间结构来寻找相似的蛋白质需要高效且全自动的方法，并且成为近年来动态研究的领域。我们开发了一种算法和一组工具，称为EAST（能量对准搜索工具）。 EAST可作为在蛋白质结构数据库中发现强蛋白质结构相似性的工具。通过基于分子力学理论的计算过程中收到的蛋白质能量图谱的比较和比对，可以进行相似性搜索。蛋白质结构的这种表示减少了巨大的搜索空间。为了加速提出的方法，我们使用多代理系统（MAS）来实现它。这大大提高了搜索过程的效率。在本文中，我们介绍了搜索过程的复杂性，EAST算法的主要思想，并简要讨论了将其作为MAS实施的优势。

著录项

  • 来源
  • 会议地点 Bangkok(TH);Bangkok(TH)
  • 作者

    Dariusz Mrozek; Bozena Malysiak; Wojciech Augustyn;

  • 作者单位

    Silesian University of Technology, Department of Computer Science, Akademicka 16, 44-100 Gliwice, Poland;

    Silesian University of Technology, Department of Computer Science, Akademicka 16, 44-100 Gliwice, Poland;

    Silesian University of Technology, Department of Computer Science, Akademicka 16, 44-100 Gliwice, Poland;

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  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 计算技术、计算机技术;
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