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首页> 外文会议>Comparative Genomics; Lecture Notes in Bioinformatics; 4205 >Evolution of Tandemly Repeated Sequences Through Duplication and Inversion
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Evolution of Tandemly Repeated Sequences Through Duplication and Inversion

机译：通过复制和反演进化串联重复序列。

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Given a phylogenetic tree T for a family of tandemly repeated genes and their signed order O on the chromosome, we aim to find the minimum number of inversions compatible with an evolutionary history of this family. This is the first attempt to account for inversions in an evolutionary model of tandemly repeated genes. We present a time-efficient branch-and-bound algorithm and show, using simulated data, that it can be used to detect "wrong" phylogenies among a set of putative ones for a given gene family. An application on a published phylogeny of KRAB zinc finger genes is presented.
机译：给定一个串联重复的基因家族的系统发育树T及其在染色体上的带符号的顺序O，我们的目标是找到与该家族的进化史兼容的最小倒数。这是在串联重复基因的进化模型中解释倒位的首次尝试。我们提出了一种高效的分支定界算法，并使用模拟数据显示了该算法可用于检测给定基因家族的一组推定系统发育中的“错误”系统发育。介绍了在已发表的KRAB锌指基因系统发育上的应用。

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