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A Phylogenetic Approach to Genetic Map Refinement

机译：遗传图细化的系统进化方法

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Following various genetic mapping techniques conducted on different segregating populations, one or more genetic maps are obtained for a given species. However, recombination analyses and other methods for gene mapping often fail to resolve the ordering of some pairs of neighboring markers, thereby leading to sets of markers ambiguously mapped to the same position. Each individual map is thus a partial order defined on the set of markers, and can be represented as a Directed Acyclic Graph (DAG). In this paper, given a phylogenetic tree with a set of DAGs labeling each leaf (species), the goal is to infer, at each leaf, a single combined DAG that is as resolved as possible, considering the complementary information provided by individual maps, and the phylogenetic information provided by the species tree. After combining the individual maps of a leaf into a single DAG, we order incomparable markers by using two successive heuristics for minimizing two distances on the species tree: the breakpoint distance, and the Kemeny distance. We apply our algorithms to the plant species represented in the Gramene database, and we evaluate the simplified maps we obtained.
机译：在对不同的隔离种群进行各种遗传定位技术之后，获得了给定物种的一个或多个遗传图。但是，重组分析和其他用于基因作图的方法通常无法解决一些相邻标记对的排序问题，从而导致标记集被模糊地映射到同一位置。因此，每个单独的图都是在标记集上定义的部分顺序，并且可以表示为有向无环图（DAG）。在本文中，给定一个带有一组标记每个叶子（物种）的DAG的系统树，目标是在每个叶子上推断单个合并的DAG，并考虑各个图谱提供的补充信息，并尽可能地对其进行分解，以及物种树提供的系统发育信息。将叶子的单个图合并到单个DAG中之后，我们使用两个连续的启发式方法来排序无可比拟的标记，以最小化物种树上的两个距离：断点距离和Kemeny距离。我们将算法应用于Gramene数据库中表示的植物物种，并对获得的简化图进行评估。

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