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On Computing the Breakpoint Reuse Rate in Rearrangement Scenarios

机译：重排场景中断点重用率的计算

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摘要

In the past years, many combinatorial arguments have been made to support the theory that mammalian genome rearrangement scenarios rely heavily on breakpoint reuse. Different models of genome rearrangements have been suggested, from the classical set of operations that include inversions, translocations, fusions and fissions, to more elaborate models that include transpositions. Here we show that the current definition of breakpoint reuse rate is based on assumptions that are seldom true for mammalian genomes, and propose a new approach to compute this parameter. We explore the formal properties of this new measure and apply these results to the human-mouse genome comparison. We show that the reuse rate is intimately linked to a particular rearrangement scenario, and that the reuse rate can vary from 0.89 to 1.51 for scenarios of the same length that transform the mouse genome into the human genome, where a rate of 1 indicates no reuse at all.
机译：在过去的几年中，已经提出了许多组合论据来支持哺乳动物基因组重排场景严重依赖于断点重用的理论。已经提出了不同的基因组重排模型，从包括反转，易位，融合和裂变的经典操作集到包括转座的更精细的模型。在这里，我们表明，断点重用率的当前定义是基于对哺乳动物基因组很少采用的假设，并提出了一种计算该参数的新方法。我们探索这项新措施的形式特性，并将这些结果应用于人-小鼠基因组比较。我们显示重用率与特定的重排方案密切相关，对于将小鼠基因组转化为人类基因组的相同长度的方案，重用率可以在0.89到1.51之间变化，比率为1表示没有重用。完全没有

著录项

  • 来源
    《Comparative Genomics》|2008年|226-240|共15页
  • 会议地点 Paris(FR);Paris(FR)
  • 作者

    Anne Bergeron; Julia Mixtacki; Jens Stoye;

  • 作者单位

    Dept. d'informatique, Universite du Quebec a Montreal, Canada;

    International NRW Graduate School in Bioinformatics and Genome Research,Universitaet Bielefeld, Germany;

    Technische Fakultaet, Universitaet Bielefeld, Germany;

  • 会议组织
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 生物工程学（生物技术）;
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