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首页> 外文会议>International Conference on Computational Science - ICCS 2003 Pt.3 Jun 2-4, 2003 Melbourne, Australia and St. Petersburg, Russia >Multi-model Simulations of Chicken Limb Morphogenesis
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Multi-model Simulations of Chicken Limb Morphogenesis

机译：鸡肢形态发生的多模型模拟

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Early development of multicellular organisms (morphogenesis) is a complex phenomenon. We present COMPUCELL, a multi-model software framework for simulations of morphogenesis. As an example, we simulate the formation of the skeletal pattern in the avian limb bud, which requires simulations based on interactions of the genetic regulatory network with generic cellular mechanisms (cell adhesion, haptotaxis, and chemotaxis). A combination of a rule-based state automaton and sets of differential equations, both subcellular ordinary differential equations (ODEs) and domain-level reaction-diffusion partial differential equations (PDEs) models genetic regulation. This regulation controls the differentiation of cells, and also cell-cell and cell-extracellular matrix interactions that give rise to cell pattern formation and cell rearrangements such as mesenchymal condensation. The cellular Potts model (CPM) models cell dynamics (cell movement and rearrangement). These models couple; COMPUCELL provides an integrated framework for such computations. Binaries for Microsoft Windows and Solaris are available.
机译：多细胞生物的早期发展（形态发生）是一个复杂的现象。我们介绍COMPUCELL，用于形态发生模拟的多模型软件框架。例如，我们模拟了禽肢芽中骨骼模式的形成，这需要基于遗传调控网络与通用细胞机制（细胞粘附，触觉和趋化性）的相互作用进行模拟。基于规则的状态自动机和微分方程组（亚细胞普通微分方程（ODE）和域级反应扩散偏微分方程（PDE））的组合为遗传调控建模。该调节控制细胞的分化，以及细胞-细胞和细胞-细胞外基质相互作用，从而引起细胞图案形成和细胞重排，例如间充质凝缩。细胞Potts模型（CPM）对细胞动力学（细胞运动和重排）进行建模。这些模型是一对； COMPUCELL为此类计算提供了一个集成的框架。可以使用Microsoft Windows和Solaris的二进制文件。

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