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首页> 外文会议>International Conference on Computational Science(ICCS 2006) pt.1; 20060528-31; Reading(GB) >Protein Simulation Using Fast Volume Preservation
【24h】

Protein Simulation Using Fast Volume Preservation

机译：使用快速体积保留进行蛋白质模拟

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Since empirical force fields computation requires a heavy computational cost, the simulation of complex protein structures is a time consuming process for predicting their configuration. To achieve fast but plausible global deformations of protein, we present an efficient and robust global shape based protein dynamics model using an implicit volume preservation method. A triangulated surface of the protein is generated using a marching cube algorithm in pre-processing time. The normal mode analysis based on motion data is used as a reference deformation of protein to estimate the necessary forces for protein movements. Our protein simulator provides a nice test-bed for initial screening of behavioral analysis to simulate various types of protein complexes.
机译：由于经验力场计算需要沉重的计算成本，因此复杂蛋白质结构的模拟是预测其构型的耗时过程。为了实现蛋白质的快速但合理的全局变形，我们提出了一种使用隐式体积保存方法的高效而健壮的基于全局形状的蛋白质动力学模型。蛋白质的三角化表面在预处理时使用行进立方体算法生成。基于运动数据的正常模式分析用作蛋白质的参考变形，以估计蛋白质运动所需的力。我们的蛋白质模拟器为初步筛选行为分析提供了一个不错的测试平台，以模拟各种类型的蛋白质复合物。

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