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首页> 外文会议>International Workshop on Algorithms in Bioinformatics(WABI 2005); 20051003-06; Mallorca(ES) >Optimal Protein Threading by Cost-Splitting
【24h】

Optimal Protein Threading by Cost-Splitting

机译：通过成本分割来优化蛋白质穿线

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In this paper, we use integer programming approach for solving a hard combinatorial optimization problem, namely protein threading. For this sequence-to-structure alignment problem we apply cost-splitting technique to derive a new Lagrangian dual formulation. The optimal solution of the dual is sought by an algorithm of polynomial complexity. For most of the instances the dual solution provides an optimal or near-optimal (with negligible duality gap) alignment. The speed-up with respect to the widely promoted approach for solving the same problem in [17] is from 100 to 250 on computationally interesting instances. Such a performance turns computing score distributions, the heaviest task when solving PTP, into a routine operation.
机译：在本文中，我们使用整数编程方法来解决硬组合优化问题，即蛋白质线程化。对于此序列到结构的比对问题，我们应用成本分割技术来推导新的拉格朗日对偶公式。通过多项式复杂度算法寻求对偶的最佳解。在大多数情况下，对偶解提供了最佳或接近最优的对偶间隙（可忽略的对偶间隙）。在[17]中，在计算上很有趣的情况下，针对广泛推广的用于解决同一问题的方法的提速从100提高到250。这样的性能将计算分数分布（解决PTP时最重的任务）变成了常规操作。

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