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首页> 外文会议>International Workshop on Comparative Genomics(RECOMB-CG 2007); 20061201-03; San Diego, CA(US) >Inferring a Duplication, Speciation and Loss History from a Gene Tree
【24h】

Inferring a Duplication, Speciation and Loss History from a Gene Tree

机译：从基因树推断重复，物种形成和丢失的历史

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We consider two questions related to the evolution of gene families. First, given a gene tree for a gene family, can the evolutionary history of this family be explained with only speciation and duplication events, and without gene loss. We show that this question can be answered in linear time, and that such a gene tree induces a single species tree consistent with a history with no loss. We then present a heuristic for the following problem: if a gene tree can not be explained without gene loss, what is the minimum number of losses involved in an evolutionary history of the gene family. We finally evaluate our algorithms on a dataset of plants gene families.
机译：我们考虑两个与基因家族进化有关的问题。首先，给定一个基因家族的基因树，可以仅通过物种形成和复制事件来解释该家族的进化历史，而无需进行基因损失。我们证明了这个问题可以在线性时间内回答，并且这样的基因树可以诱导出与历史一致的单一物种树，而不会造成任何损失。然后，我们针对以下问题提出试探法：如果无法解释基因树而没有基因损失，那么基因家族进化史中涉及的最小损失数是多少。最后，我们在植物基因家族的数据集上评估了我们的算法。

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