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Current applications for DNA methylation using infinium - challenges and rewards

机译：使用Infinium的DNA甲基化的当前应用-挑战和回报

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摘要

Background: In environmental epidemiology, the question of whether epigenetic processes might mediate environmental health effects is an intriguing one. The advent of the Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip (HM450), for the first time, enabled the environmental researcher to interrogate thousands of CpG loci at one time to investigate such questions. As with any new technology, however, the limitations of the instrument should not be ignored, nor should emerging technologies that might supersede or complement the old. Aims:The goal of this presentation is to present and discuss an overview of uses and limitations of the HM450 as applied to environmental epidemiology research. Methods/Results:We will present data illustrating the use of the HM450 in an investigation of the effects of prenatal PM2.5 exposure on DNA methylation in a sample of 240 newborn bloodspots. We will highlight the quality control steps taken to reduce background noise, remove erroneous loci, and address sample quality. We will also present a comparison of different analytic approaches, and their similarities and differences, and address the issue of multiple testing and scientific follow-up, particularly in the context of a screening tool that generates scientific hypotheses. Conclusion: We hope to foster discussion of the future utility of this platform in the context of emerging sequencing or other technologies.
机译：背景：在环境流行病学中，后生过程是否可能介导环境健康影响的问题是一个令人着迷的问题。 Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip（HM450）的问世首次使环境研究人员能够一次询问成千上万个CpG基因座，以研究此类问题。但是，与任何新技术一样，该仪器的局限性也不容忽视，新兴技术可能会取代或补充旧技术也不容忽视。目的：本演讲的目的是介绍和讨论HM450在环境流行病学研究中的用途和局限性。方法/结果：我们将提供数据说明HM450在调查240个新生儿血斑样本中产前PM2.5暴露对DNA甲基化的影响中的用途。我们将重点介绍为减少背景噪声，消除错误的基因座和解决样品质量而采取的质量控制步骤。我们还将介绍不同分析方法的比较，以及它们的异同，并解决多重测试和科学跟进的问题，尤其是在产生科学假设的筛选工具的情况下。结论：我们希望在新兴测序或其他技术的背景下，促进对该平台未来实用性的讨论。

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  • 来源
    《》|2014年|966-966|共1页
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    Carrie V. Breton;

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