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In silico potential drug target identification for Pseudomonas aeruginosa biofilm

机译：铜绿假单胞菌生物膜的计算机潜在药物靶标鉴定

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Computational drug designing represents a new approach towards drug discovery. In this study, structure based drug design was used to find an antibiofilm agent to suppress Pseudomonas aeruginosa biofilm production in venous catheters and artificial hip prosthesis. PelD protein was chosen as a target protein for this process as it dominates exopolysaccharide matrix formation and compactness of biofilm. It contains a GGDEF domain which is necessary for c di-GMP to bind and regulate Pel production. A database of 5761 ligands for pelD was generated from LigPrep in Schrodinger. Eight molecules having negative free binding energy against pelD were identified using precisions like HTVS, SP, XP, Prime MM/GBSA. These molecules can now be treated as antibiofilm agents for in vitro studies.
机译：计算药物设计代表了一种新的发现药物的方法。在这项研究中，基于结构的药物设计被用于寻找一种抗生物膜剂，以抑制静脉导管和人工髋关节假单胞菌铜绿假单胞菌生物膜的产生。 PelD蛋白被选为该过程的靶蛋白，因为它主要控制胞外多糖基质的形成和生物膜的紧密性。它包含一个cGD-GMP结合和调节Pel产生所必需的GGDEF域。从Schrodinger的LigPrep生成pelD的5761个配体的数据库。使用诸如HTVS，SP，XP，Prime MM / GBSA之类的精度鉴定了对pelD具有负自由结合能的八个分子。这些分子现在可以作为抗生物膜剂进行体外研究。

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