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首页> 外文会议>Annual ACM/IEEE Symposium on Logic in Computer Science >Comparing Chemical Reaction Networks: A Categorical and Algorithmic Perspective
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Comparing Chemical Reaction Networks: A Categorical and Algorithmic Perspective

机译：比较化学反应网络：分类和算法的角度

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We study chemical reaction networks (CRNs) as a kernel language for concurrency models with semantics based on ordinary differential equations. We investigate the problem of comparing two CRNs, i.e., to decide whether the trajectories of a source CRN can be matched by a target CRN under an appropriate choice of initial conditions. Using a categorical framework, we extend and relate model-comparison approaches based on structural (syntactic) and on dynamical (semantic) properties of a CRN, proving their equivalence. Then, we provide an algorithm to compare CRNs, running linearly in time with respect to the cardinality of all possible comparisons. Finally, we apply our results to biological models from the literature.
机译：我们研究化学反应网络（CRN）作为并发模型的内核语言，并发模型具有基于常微分方程的语义。我们研究比较两个CRNS，即，决定是否一源CRN的轨迹可通过目标CRN下的初始条件的适当选择相匹配的问题。使用分类框架，我们基于CRN的结构（语法）和动态（语义）特性扩展并关联了模型比较方法，证明了它们的等效性。然后，我们提供了一种算法，用于比较CRN，并根据所有可能比较的基数在时间上线性运行。最后，我们将我们的结果应用于文献中的生物学模型。

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