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首页> 外文会议>IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine >UPS: A new approach for multiple sequence alignment using morphing techniques
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UPS: A new approach for multiple sequence alignment using morphing techniques

机译：UPS：使用变体技术进行多序列比对的新方法

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We present a novel computational method for Multiple Sequence Alignment (MSA), a fundamental problem in computational biology. In contrast to other known approaches, our method searches for an optimal alignment - structurally and evolutionarily - by inserting or deleting gaps from a set of initial candidates in an efficient manner. Our method called a Universal Partitioning Search (UPS) approach for MSA uses graphical morphism to guarantee that the scores of the alignment candidates are always improved after each particle swarm optimization iteration. We compare our novel method with previous known methods and report our experimental results using BAliBASE test suites. Our initial results showed that the multiple sequence alignments found by our software, which was implemented in Maple and C/Java, are better in some cases or comparable with current state-of-the-art software.
机译：我们提出了一种新的计算方法，用于多序列比对（MSA），这是计算生物学中的一个基本问题。与其他已知方法相反，我们的方法通过有效地插入或删除一组初始候选对象中的缺口，从而在结构上和进化上寻找最佳的比对。我们称为MSA的通用分区搜索（UPS）方法的方法使用图形态射来确保每次粒子群优化迭代后总能提高对齐候选的分数。我们将我们的新方法与以前的已知方法进行比较，并使用BAliBASE测试套件报告我们的实验结果。我们的初步结果表明，由我们的软件发现的多序列比对（在Maple和C / Java中实现）在某些情况下更好，或者与当前的最新软件相当。

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