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GPU Based Composite Elements Discovery In Large DNADatasets

机译：大型DNA数据集中基于GPU的复合元素发现

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Composite elements play an important role in the regulation of transcription. Existing methods for the revealing of potential composite elements are usually based on assessment of the significance of the mutual presence of the predicted transcription factor binding sites using weight matrices or other methods trained on samples of binding sites of known transcription factors. Thus, such methods essentially depend on the completeness of training samples and information on existing TFs. We have proposed a method for de novo discovery of potential composite elements, which does not require preliminary information about the localization of potential TFBS. Using the proposed approach, context signals are identified in the ChIP-Seq dataset, which can correspond to potential composite elements.
机译：复合元素在转录调控中起着重要作用。用于揭示潜在复合元件的现有方法通常基于使用权重矩阵或在已知转录因子结合位点样品上训练的其他方法，对预测的转录因子结合位点相互存在的重要性进行评估。因此，这种方法基本上取决于训练样本的完整性和有关现有TF的信息。我们提出了一种从头发现潜在复合元素的方法，该方法不需要有关潜在TFBS本地化的初步信息。使用提出的方法，可以在ChIP-Seq数据集中识别上下文信号，该上下文信号可以对应于潜在的复合元素。

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