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首页> 外文会议>International Conference on Bioinformatics and Computational Biology >MotifMutator: A Combinatoric Tool for Modeling Binding-Site Preference
【24h】

MotifMutator: A Combinatoric Tool for Modeling Binding-Site Preference

机译：MotifMutator：用于建模绑定站点偏好的组合工具

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A quantitative assessment of the positional preference of binding site motifs can yield important predictions concerning a binding domain's potential targets. We present a measure of positional preference of a binding domain by enumerating over potential variants of some canonical sequence within a specified Hamming distance. Empirical data is then used to quantitatively characterize the degree to which elements of the canonical sequence are retained. As a test case, we applied this algorithm to chromatin immunoprecipitation data and were able to characterize the binding site preferences of the NHR-6 nuclear receptor with respect to the NGFI-B response element.
机译：对结合位点基序的位置偏好的定量评估可以产生关于结合结构域的潜在靶标的重要预测。 我们通过在特定汉明距离内枚举一些规范序列的潜在变体来呈现结合域的位置偏好的衡量标准。 然后使用经验数据来定量表征定义序列的元素的程度。 作为测试用例，我们将该算法应用于染色质免疫沉淀数据，并且能够表征NHR-6核受体相对于NGFI-B反应元件的结合位点偏好。

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