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首页> 外文会议>Pacific Symposium on Biocomputing; 20080104-08; Kohala Coast,HI(US) >TRELLIS+: AN EFFECTIVE APPROACH FOR INDEXING GENOME-SCALE SEQUENCES USING SUFFIX TREES
【24h】

TRELLIS+: AN EFFECTIVE APPROACH FOR INDEXING GENOME-SCALE SEQUENCES USING SUFFIX TREES

机译：TRELLIS +：使用后缀树表示基因组规模序列的有效方法

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With advances in high-throughput sequencing methods, and the corresponding exponential growth in sequence data, it has become critical to develop scalable data management techniques for sequence storage, retrieval and analysis. In this paper we present a novel disk-based suffix tree approach, called Trellis+, that effectively scales to massive amount of sequence data using only a limited amount of main-memory, based on a novel string buffering strategy. We show experimentally that Trbllis+ outperforms existing suffix tree approaches; it is able to index genome-scale sequences (e.g., the entire Human genome), and it also allows rapid query processing over the disk-based index.
机译：随着高通量测序方法的发展以及序列数据的相应指数增长，开发用于序列存储，检索和分析的可伸缩数据管理技术变得至关重要。在本文中，我们提出了一种新颖的基于磁盘的后缀树方法，称为Trellis +，它基于一种新颖的字符串缓冲策略，仅使用有限的主内存就可以有效地扩展到大量序列数据。我们通过实验证明Trbllis +优于现有的后缀树方法；它能够索引基因组规模的序列（例如整个人类基因组），并且还允许对基于磁盘的索引进行快速查询处理。

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