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首页> 外文会议>Proceedings of the Fourth China-Japan-Korea joint symposium on medical informatics(CJKMI'02) >Exceed Phred in Basecalling Accuracy of DNA sequence data with BaseSpectrum
【24h】

Exceed Phred in Basecalling Accuracy of DNA sequence data with BaseSpectrum

机译：使用BaseSpectrum对DNA序列数据进行碱基检出准确度超过Phred

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摘要

In this paper we describe a software system that we have developed for the base call from sequencer traces. The system introduces a number of new methods, algorithms designed to achieve high accuracy in base calling. The results can be output to SCF ("Standard Chromatogram Format") files whose format is a "universal" format for trace sequence files that is supported by many different programs and manufacturers. An option for doing base call from Phred is also available for the software (Phred) has been integrated in this system. So we can easily compare the result of base call between our software and the Phred. To the best of our knowledge, this is a novel software system, which improves the accuracy of base calling considerably.
机译：在本文中，我们描述了一个为定序器跟踪的碱基调用开发的软件系统。该系统引入了许多新方法，这些算法旨在实现基本调用的高精度。可以将结果输出到SCF（“标准色谱图格式”）文件，该文件的格式是跟踪序列文件的“通用”格式，许多不同的程序和制造商都支持该格式。对于已集成到该系统中的软件（Phred），也可以从Phred进行基本呼叫。因此，我们可以轻松比较软件和Phred之间的碱基检出结果。据我们所知，这是一个新颖的软件系统，可大大提高基本调用的准确性。

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