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首页> 外文会议>RECOMB 2004 International Workshop on Regulatory Genomics(RRG 2004); 20040326-27; San Diego,CA(US) >Inferring Cis-region Hierarchies from Patterns in Time-Course Gene Expression Data
【24h】

Inferring Cis-region Hierarchies from Patterns in Time-Course Gene Expression Data

机译：从时间过程基因表达数据中的模式推断顺式区域层次

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Resolving the co-regulation relationships between genes is a major step toward understanding the underlying topology and dynamics of gene networks. Although co-expression of genes does not directly imply their co-regulation, model-based approaches coupled with the availability of large-scale gene expression data can help associate expression patterns with features in their cis-regions. Inspired by studies of transcriptional regulation in sea-urchin, here we report on preliminary validation of the following simple model for transcriptional regulation in yeast: the same Cis-Regulatory Modules (CRMs) in the cis-regions of different genes give rise to very similar functional events in the time-course expression profiles of those genes. We use a modified version of a prior algorithm for decomposing time-course gene expression patterns into functional events. To capture and reason about shared CRMs we introduce an order relationship, or a Regulation Hierarchy on the genes. When tested on actual time-course gene expression data of yeast preliminary results indicate 50% - 71% matches, of high confidence, between our derived and known cis-region regulation hierarchies. This hierarchy structure yields practical predictions when used with other type of genomic data, e.g. location of TF-DNA interactions.
机译：解决基因之间的共调节关系是迈向了解基因网络的基础拓扑和动力学的重要一步。尽管基因的共表达并不直接暗示其共调控，但是基于模型的方法与大规模基因表达数据的可获得性可以帮助将表达模式与其顺式区域的特征相关联。受海胆转录调控研究的启发，在此我们报告了以下简单的酵母转录调控模型的初步验证：不同基因顺式区域中相同的顺式调控模块（CRM）产生了非常相似的这些基因的时程表达谱中的功能性事件。我们使用现有算法的修改后的版本将时程基因表达模式分解为功能事件。为了捕获和解释共享CRM的原因，我们在基因上引入了顺序关系或规则层次结构。在酵母的实际时程基因表达数据上进行测试时，初步结果表明，在我们衍生的和已知的顺式区域调节层次之间，有50％-71％的匹配具有很高的可信度。当与其他类型的基因组数据一起使用时，此层次结构可产生实际的预测。 TF-DNA相互作用的位置。

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