whiB对链霉菌系统分类意义的评价及一株拟诺卡氏菌的鉴定

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本文采用形态、16S rDNA系统发育分析、whiB基因家族多态性分析，部分whiB序列系统发育分析以及DNA-DNA杂交方法，对合格发表的链霉菌模式菌株22株和从形态上初步确定为链霉菌的未知菌21株进行了研究，目的是通过形态、16S rDNA系统发育分析以及DNA-DNA杂交方法与whiB基因的分类结果比较，来评价whiB基因在链霉菌系统分类研究中的意义。根据孢子链形态，将供试菌株分为5个主要类群，这5个主要类群分别为群Ⅰ(RF型)、群Ⅱ(S型)、群Ⅲ(RA型)、群Ⅳ(MV-S型)和群V(NS型)。通过16 SrDNA序列测定以及在GenBank中进行比较，确定21株未知菌中有20株菌属于链霉菌属(Streptomyces)，1株(HBUM170038)属于拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)。通过聚丙烯酰胺凝胶电泳，对42株供试链霉菌菌株进行whiB基因家族多态性分析，结果表明，多数供试菌株具有多条扩增条带，部分菌株只有一个条带，而且所有供试菌株在200bp左右位置均有一条扩增条带。whiB基因家族多态性研究结果表明，在86％左右相似水平上得到的独立分支可以确定为一个种，这个结果通过DNA-DNA杂交得到了验证。对所有供试菌株200bp大小的whiB基因扩增条带进行测序发现，whiB基因家族多态性分析结果中只出现一个条带的菌株，它们的whiB基因序列显示山异质性，但有个别菌株具有相同的序列。对这些序列相同的菌株进行了DNA-DNA杂交，其结果显示：除了两个非模式菌株HBUM171361与HBLJMl71073之间的DNA-DNA同源性为94.7％外，其它菌株之间的DNA-DNA同源性均小于70％。 whiB序列分析还发现，有些模式菌株的whiB基因序列完全相同，选择其中部分菌株进行DNA-DNA杂交，结果显示：除了菌株HBUMl71364和HBUMl71176之间的DNA-DNA同源性为91.4％外，其它菌株之间DNA-DNA同源性均小于70％。这就说明：同一个种的不同菌株之间的whiB基因序列是相同的，但具有相同whiB基因序列的菌株不一定是同一个的种。将分别由whiB基因序列和16S rDNA序列构建的系统发育树进行比较，发现二者拓扑结构相差很大，菌株间的系统发育关系也不一致。研究结果还发现：一些whiB序列相似性100％的菌株大多具有相同的孢子链形态，这与whiB基因控制链霉菌孢子形成的功能有关。综合以上结果分析，whiB用于链霉菌系统分类研究具有一定的意义。但由于链霉菌属具有527个合格发表的种，38个亚种，而本论文所研究的菌株数量有限，因此，要更客观的评价whiB-在链霉菌系统分类中的作用，还需要更进一步扩大研究范围。通过对菌株HBUMl170038进行形态及培养特征观察，细胞壁化学组分、磷酸类脂、甲基奈醌组分分析以及DNA-DNA杂交等方法的鉴定，确定菌株HBUM170038为拟诺卡氏菌的一个新种。由于经耐酸碱性试验证明，菌株HBUMl70038为一株嗜碱性菌株，为了与同实验室的嗜碱菌株统一编号，将菌株编号HBIUMl70038更改为HBLJM20038。将该新种命名为甘家湖拟诺卡氏菌(Nocardiopsis ganjiahuensis sp．nov)，典型菌株为}{B1JM20038<'T>=DSM4503 1<'T>=CGMCC4.3500<'T>。

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作者
张秀敏;
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作者单位

中国农业大学;

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授予单位中国农业大学;
学科微生物学
授予学位博士
导师姓名陈文新,张利平;
年度 2007
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类 Q939.132;
关键词
whiB基因; 链霉菌属; 16S rDNA; 甘家湖拟诺卡氏菌; 菌种鉴定;

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