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亚洲棉石系亚1号耐旱相关基因cDNA文库的构建与分析

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第一章绪论

1.1亚洲棉石系亚1号简介

1.2棉花耐旱机制的研究进展

1.3棉花耐旱相关基因

1.3.1渗透调节物质脯氨酸、甜菜碱合成相关基因

1.3.2可溶性糖合成有关的基因

1.3.3 LEA蛋白

1.3.4调控耐旱基因表达和信号转导的转录因子

1.4棉花耐旱相关的基因的研究方法

1.5抑制性差减杂交(SSH)技术

1.5.1抑制性差减杂交技术的原理

1.5.2抑制性差减杂交技术的实验过程

1.5.3抑制性差减杂交技术优缺点

1.5.4抑制性差减杂交技术在棉花差异表达基因上的研究进展

1.6研究目的和意义

1.7实验路线

1.8实验方案

第二章抑制性差减杂交法构建亚洲棉石系亚1号cDNA文库

2.1材料与试剂

2.1.1材料

2.1.2化学试剂、酶及试剂盒

2.1.3主要仪器设备

2.2实验方法

2.2.1实验材料制备

2.2.2总RNA的提取

2.2.3 mRNA的分离纯化

2.2.4 cDNA抑制差减文库的构建

2.2.5差减cDNA文库的初步筛选

2.3实验结果

2.3.1总RNA和mRNA的检测

2.3.2双链cDNA合成结果检测

2.3.3 cDNA接头连接效率分析

2.3.4二次PCR产物分析

2.3.5 PCR分析差减效率

2.3.6菌落PCR初步筛选差减cDNA文库

2.4本章讨论

第三章反向Northem筛选阳性克隆

3.1实验材料

3.2实验试剂

3.3实验方法

3.3.1探针标记

3.3.2 cDNA点阵膜的制备

3.3.3杂交检测

3.4实验结果

3.5本章讨论

第四章生物信息学分析

4.1 cDNA文库测序

4.2 GO分类

4.3 COG分析

4.4KEGG分析

4.5本章讨论

第五章半定量RT-PCR法分析棉花耐旱相关基因的表达

5.1实验材料

5.2实验方法

5.2.1单链cDNA合成

5.2.2棉花耐旱相关基因的扩增

5.3实验结果

5.4本章讨论

第六章创新点

第七章结论

参考文献

附录

致谢

作者简历

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摘要

我国是棉花种植大国,但干旱缺水等环境因素越来越威胁着棉花的生长发育。由于棉花耐旱性状的复杂性和缺乏有效的选择手段,常规育种对棉花耐旱性的改良进展较慢。本研究是国内外首次利用抑制消减杂交技术构建棉花耐旱相关基因文库,从分子水平上进行了棉花耐旱EST的筛选,为分离、克隆、转化棉花耐旱基因奠定了基础。 本研究通过抑制消减杂交技术成功的构建了高质量的亚洲棉石系亚1耐旱相关cDNA文库。经过蓝白斑筛选、菌落PCR、反向Northern、生物信息学、RT-PCR等分子生物手段分析和检验库了的质量。通过对随机挑选的、经过菌落PCR初步验证的960个有效克隆做反向Northern,最终筛选出阳性克隆392个。通过EST测序得到265个单一序列(unigene),其中41个为重叠群(contigs),224个为单拷贝(singlets)。生物信息学分析结果表明:该抑制差减cDNA文库中含有大量与耐旱相关的基因,且获得的耐旱相关基因可以分为两大类:一是功能蛋白类,如光合作用相关酶类、热激蛋白、铁蛋白、糖代谢相关蛋白、蛋白酶类等,它们在细胞内可直接发挥保护功能。另一类是调控蛋白类,如转录因子、蛋白激酶等,在各种胁迫反应信号转导或基因表达中起调节作用以及间接起保护作用。同时本研究还获得未知功能的EST序列46个,说明还有更多未知功能的基因有待被发掘。这些棉花耐旱相关基因EST的发现,为进一步克隆这类耐旱相关基因提供了研究依据,同时也为研究棉花耐旱机制以及分子育种奠定了工作基础。

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