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花椰菜Fe-SOD、CAT、Tub基因和青花菜Tub基因cDNA的克隆及分析

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目录

文摘

英文文摘

第一章 文献综述

1 超氧化物歧化酶

1.1 自由基的产生与危害

1.2 抵抗自由基危害

1.3 植物SOD的分布

1.4 SOD开发应用

1.5 SOD与植物抗病性的关系

1.6 植物SOD基因研究进展

2 过氧化氢酶

2.1 过氧化氢酶的结构及功能

2.2 CAT与植物抗逆性的关系

2.3 CAT开发应用

3 微管蛋白

3.1 微管蛋白功能

3.2 研究进展

4 花椰菜和青花菜的概述

4.1 青花菜概述

4.2 花椰菜概述

5 本研究的目的和意义

第二章 花椰菜Fe-SOD基因cDNA全长的克隆

1 试验材料、仪器

1.1 试验材料

1.2 试验仪器

2 花椰菜总RNA的提取及测定

2.1 耗材

2.2 试剂

2.3 花椰菜花、根总RNA的提取

2.4 花椰菜花、根总RNA浓度测定

3 花椰菜Fe-SOD基因保守区的克隆

3.1 cDNA 合成

3.2 保守片段获得

4 花椰菜Fe-SOD基因3'RACE

4.1 3'RACE的引物

4.2 3'末端快速PCR扩增

5 花椰菜Fe-SOD基因5'RACE

5.1 5'RACE-Ready cDNA的合成

5.2 5'RACE的引物

5.3 5'末端快速PCR扩增

6 结果与分析

6.1 花椰菜总RNA的提取与测定结果

6.2 花椰菜Fe-SOD基因保守区cDNA的PCR扩增结果

6.3 花椰菜Fe-SOD cDNA的3'RACE

6.4 花椰菜Fe-SOD基因cDNA的5'RACE及系列分析

6.5 花椰菜Fe-SOD基因cDNA全长的获得

7 生物信息学分析

7.1 花椰菜Fe-SOD基因氨基酸编码产物同源性分析

7.2 花椰菜Fe-SOD基因氨基酸组成及亲水性分析

7.3 花椰菜Fe-SOD基因编码蛋白质保守区的预测及分析

7.4 花椰菜Fe-SOD蛋白质二级结构和跨膜区域的预测

8 讨论

第三章 花椰菜CAT基因片段的克隆

1 材料与方法

1.1 保守片段获得

1.2 花椰菜CAT基因3'RACE

2 结果与分析

2.1 花椰菜CAT基因保守区cDNA的PCR扩增结果

2.2 花椰菜CAT基因cDNA的3'RACE与保守拼接结果及系列分析

3 生物信息学分析

3.1 花椰菜CAT蛋白质保守区的预测及功能分析

3.2 花椰菜CAT基因cDNA片段编码的蛋白二级结构及跨膜区域的预测

4 讨论

第四章 花椰菜Tub基因cDNA全长的克隆

1 材料与方法

1.1 保守片段获得

1.2 花椰菜Tub基因3'RACE

1.3 花椰菜Tub基因5'RACE

2 结果与分析

2.1 花椰菜Tub基因保守区cDNA的PCR扩增结果

2.2 花椰菜Tub基因cDNA的3'RACE及系列分析

2.3 花椰菜Tub基因cDNA的5'RACE及系列分析

2.4 花椰菜Tub基因cDNA全长的获得

3 生物信息学分析

3.1 花椰菜Tub基因氨基酸编码产物同源性分析

3.2 花椰菜Tub基因氨基酸组成及亲水性分析

3.3 花椰菜Tub基因编码蛋白质保守区的预测及分析

3.4 花椰菜Tub蛋白质二级结构和跨膜区域的预测

4 讨论

第五章 青花菜Tub基因cDNA片段的克隆

1 材料与方法

2 结果与分析

2.1 青花菜花、根总RNA的提取与测定结果

2.2 青花菜Tub基因保守区cDNA的PCR扩增结果

2.3 青花菜Tub基因cDNA的保守和3'RACE的拼接及系列分析

3 青花菜Tub基因片段生物信息学分析

3.1 青花菜Tub蛋白质保守区的预测及功能分析

3.2 青花菜Tub蛋白质二级结构和跨膜区域的预测

4 讨论

结论与展望

参考文献

缩写词

致谢

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摘要

本试验以青花菜和花椰菜的花、根为材料,应用RT-PCR及RACE技术,克隆出Fe-SOD和Tub基因的全长及CAT基因的片段,为进一步从分子水平探讨抗氧化酶的抗氧化和抗逆机理,揭示微管蛋白的生理功能,为今后青花菜和花椰菜的抗逆育种奠定理论基础。
   1.获得花椰菜Fe-SOD基因cDNA全长
   以花椰菜根为材料,提取RNA,利用RT-PCR及RACE技术,克隆获得Fe-SOD基因(登录号为JF720320)cDNA全长,包含971bp,编码212个氨基酸,分子量为23902.0,等电点(PI)5.97。
   经Blast软件比对,结果表明,该序列与芜菁(Brassica rapa)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)的同源性均在85%以上。编码的氨基酸比对显示,与芜菁(Brassica rapa)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)、茄子(Eggplant)、木榄(Bruguieragymnorhiza)、百脉根(Lotus japonicus)的同源性均在90%以上。
   2.获得花椰菜CAT基因cDNA片段
   花椰菜根部克隆得到长度为1207bp的CAT基因片段,GeneBank登录号为JF720325,该片段与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、芥菜(Brassica juncea)、甘蓝(Brassica oleracea)、辣椒(Capsicum annuum)、桃(Prunus persica)cDNA的同源性较高,分别为87%、82%、81%、81%、79%,而且序列编码340个氨基酸。
   3.获得花椰菜Tub基因cDNA全长
   花椰菜花为材料,获得Tub基因cDNA全长分别为1631bp(登录号为JF720321),开放阅读框能够编码446个氨基酸,分子量为50286.5,等电点4.81。
   Blast软件比对,结果表明,花椰菜花Tub基因cDNA全长与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、杨毛果(Populus trichocarpa)、玉米(Zea mays)、陆地棉(Gossypium hirsutum)的同源性分别为88%、83%、82%、80%。编码的氨基酸比对显示,与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、大W(glycine max)、狗尾草(setaria viridis)、陆地棉(Gossypium hirsutum)、玉米(Zea mays)的同源性均在90%以上。
   从花椰菜根中克隆得到一条全长1640bp的序列,GeneBank登录号为JF720322,分子量为23520.6,等电点5.01,序列编码212个氨基酸。与花椰菜花中获得的Tub基因cDNA全长比对证明两者是基本相同的,属同一基因,相似性在95%以上。
   4.青花菜Tub基因cDNA片段
   在青花菜花中克隆得到的Tub基因cDNA片段长度分别为970bp,与其它植物比对发现,青花菜的花与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、燕麦(Oat)、大豆(glycine max)、玉米(Zea mays)、水稻(Rice)、蓖麻(Ricinus communis)、小麦(Triticum aestivum)的同源性均在82%以上,同源性较高。GeneBank登录号为JF720323,该序列编码253个氨基酸。
   从青花菜根中获得Tub基因cDNA的保守序列,GeneBank登录号为JF720324,序列编码202个氨基酸。与花椰菜,青花菜花中得到的保守比对显示差异性较大。

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