有毒链状亚历山大藻转录组学研究

声明

摘要

缩略词表

第一章 前言

1．1 麻痹性贝毒研究进展

1．1．1 麻痹性贝毒的结构和类型

1．1．2 麻痹性贝毒的来源

1．1．3 麻痹性贝毒的作用机理

1．2 石房蛤毒素的生物合成

1．2．1 蓝藻中石房蛤毒素的生物合成

1．2．2 甲藻中石房蛤毒素的生物合成

1．2．3 细胞周期与石房蛤毒素合成

1．2．4 甲藻石房蛤毒素合成的调控

1．3 转录组技术及其在甲藻研究中的应用

1．3．1 第二代测序技术

1．3．2 转录组测序

1．3．3 甲藻转录组学研究进展

1．4 本文研究目的和内容

第二章 链状亚历山大藻有毒野生株和无毒变异株的比较转录组学研究

2．1 引言

2．2 材料与方法

2．2．1 藻种培养

2．2．2 形态学分析

2．2．3 DNA提取及分子鉴定

2．2．4 毒素分析

2．2．5 RNA提取及检测

2．2．6 RNA测序文库构建

2．2．7 测序结果组装与基因功能注释

2．2．8 基因表达水平分析

2．2．9 石房蛤毒素合成相关基因的鉴定

2．2．10 qRT-PCR验证

2．3 结果

2．3．1 形态学分析

2．3．2 分子鉴定与毒素组成分析

2．3．3 RNA质量检测

2．3．4 RNA-seq与de novo组装

2．3．5 基因功能注释

2．3．6 差异表达基因分析

2．3．7 石房蛤毒素合成相关基因

2．3．8 qRT-PCR验证

2．4 讨论

2．4．1 无毒变异株ACHK-NT中表达上调基因

2．4．2 无毒变异株ACHK-NT中表达下调基因

2．4．3 石房蛤毒素合成相关基因

2．5 本章小结

第三章 有毒链状亚历山大藻不同产毒时期转录组学研究

3．1 引言

3．2 材料与方法

3．2．1 藻种培养

3．2．2 细胞同步化

3．2．3 细胞计数

3．2．4 流式细胞分析

3．2．5 毒素分析

3．2．6 RNA提取及检测

3．2．7 RNA测序文库构建

3．2．8 测序结果组装与基因功能注释

3．2．9 基因表达水平分析

3．2．10 石房蛤霉素合成相关基因的鉴定

3．3 结果

3．3．1 细胞周期时相分布

3．3．2 毒素含量测定

3．3．3 RNA质量检测

3．3．4 RNA-seq与de novo组装

3．3．5 基因功能注释

3．3．6 差异表达基因分析

3．3．7 石房蛤毒素合成相关基因

3．4 讨论

3．4．1 毒素合成与细胞周期

3．4．2 毒素合成相关基因

3．4．3 共同差异表达基因

3．5 本章小结

第四章 代谢抑制剂作用下链状亚历山大藻转录组学研究

4．1 引言

4．2 材料与方法

4．2．1 藻种培养

4．2．2 细胞同步化

4．2．3 细胞计数

4．2．4 流式细胞分析

4．2．5 毒素分析

4．2．6 RNA提取及检测

4．2．7 RNA测序文库构建

4．2．8 测序结果组装与基因功能注释

4．2．9 基因表达水平分析

4．2．10 石房蛤毒素合成相关基因的鉴定

4．3 结果

4．3．1 细胞周期时相分布

4．3．2 毒素含量分析

4．3．3 RNA质量检测

4．3．4 RNA-seq与de novo组装

4．3．5 基因功能注释

4．3．6 差异表达基因分析

4．3．7 石房蛤毒素合成相关基因

4．4 讨论

4．4．1 秋水仙素处理后的链状亚历山大藻转录组

4．4．2 秋水仙素对细胞周期的影响

4．4．3 秋水仙素对细胞结构与运动的影响

4．4．4 秋水仙素对毒素合成的影响

4．5 本章小结

第五章 结论与展望

5．1 结论

5．2 本论文的特色和创新点

5．3 不足及展望

参考文献

附录

攻读博士学位期间研究成果

致谢