声明
摘要
1 前言
1.1 多环芳烃的微生物降解研究进展
1.1.1 多环芳烃的来源及危害
1.1.2 海洋环境多环芳烃降解微生物概况
1.1.3 细菌的多环芳烃代谢路径及其相关基因研究进展
1.2 多环芳烃降解菌的基因组学研究
1.3 微生物基因组与微生物生物学
1.3.1 微生物的运动性
1.3.2 细胞信号转导系统
1.3.3 膜转运蛋白
1.4 Cycloclasticus sp.P1的研究进展
1.4.1 Cycloclasticus sp.P1研究背景
1.4.2 Cycloclasticus sp.P1基因组概况
1.5 本文的研究目的及意义
2 材料和方法
2.1 实验材料
2.1.1 样品来源
2.1.2 主要试剂和药品
2.1.3 主要仪器
2.1.4 常用溶液和培养基
2.1.5 PCR扩增引物
2.1.6 所使用的分析软件
2.2 基本方法
2.2.1 菌株及培养
2.2.2 细菌基因组DNA的提取
2.2.3 PCR反应扩增体系
2.2.4 PCR扩增程序
2.2.5 PCR产物的纯化
2.2.6 变性梯度凝胶电泳(DGGE)制胶
2.3 菌株Cycloclasticus sp.P1的转录组测序及多环芳烃降解机制研究方法
2.3.1 Cycloclasticus sp.P1 PAHs诱导培养方案
2.3.2 菌株Cycloclasticus sp.P1转录组测序与基因表达注释
2.3.3 Real-time PCR
2.4 深海热液区沉积物多环芳烃降解菌的多样性分析方法
2.4.1 PAHs降解菌群富集培养及单菌分离鉴定
2.4.2 菌群多环芳烃降解率的测定
2.4.3 16S rDNA的鉴定与系统发育树的构建
2.4.4 单菌降解能力定性分析
2.4.5 降解菌群结构DGGE分析和Solexa高通量测序分析
3 结果与讨论
3.1 Cycloclasticus sp.P1多环芳烃降解机制的研究
3.1.1 Cycloclasticus sp.P1转录组分析
3.1.2 Cycloclasticus sp.P1多环芳烃降解路径的研究
3.1.3 Cycloclasticus sp.P1的细胞运动性
3.1.4 Cycloclasticus sp.P1的双组分信号转导系统
3.1.5 Cycloclasticus sp.P1的转录调控
3.1.6 Cycloclasticus sp.P1的膜转运系统
3.1.7 讨论
3.2 深海热液区沉积物多环芳烃降解菌的多样性分析
3.2.1 降解菌群的菌株分离与鉴定
3.2.2 可培养单菌的系统进化分析
3.2.3 降解菌群的PAHs降解效率
3.2.4 降解菌群DGGE分析
3.2.5 菌群结构的Solexa高通量测序分析
3.2.6 单菌PAHs降解范围初步验证
3.2.7 Erythrobacter sp.N-3基因组初步分析
3.2.8 讨论
小结和展望
参考文献
附录
致谢