广州地区静脉吸毒人群和男男同性性行为人群HIV-1分子流行病学特征

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目的：
　　了解广州地区静脉吸毒人群和男男同性性行为人群HIV-1基因亚型分布特征和进化关系，寻找HIV-1的新亚型，探索各亚型可能的流行趋势;分析P6蛋白氨基酸变异特征及7个氨基酸缺失的流行分布，为艾滋病的治疗与预防提供基础数据。
　　方法：
　　收集来自广东省皮肤病防治中心MSM(Men who have sex with men)和IDUs(Intravenous drug users)血液样本182份，提取病毒核酸，运用巢式RT-PCR法扩增HIV-1三个基因片段p17(670bp)，pol(840bp)，和gp41(461bp)。将扩增产物纯化后测序，构建ML系统发育进化树，确定样本基因亚型以及毒株之间的进化关系。对所获未知基因亚型URFs(unique recombinant forms)毒株进行近全长基因组序列扩增，分析基因组结构和进化特征。扩增CRF07BC亚型样本gag全长序列，将P6蛋白翻译为氨基酸与HXB2比对，分析蛋白的缺失突变，并结合数据库中P6序列，分析p6△7(7-aa deletion)在不同人群，时间和地区的流行分布特征，构建系统进化树。
　　结果：
　　样本人群中，HIV-1基因亚型以CRF01_AE，CRF07_BC和CRF08_BC为主，分别占32.4％，27.5％，17.6％。同时还存在CRF55_01B，B，C和CRF5901B等亚型以及6％的独特重组株URF。IDU人群病毒基因亚型分布与MSM人群不同。MSM人群基因亚型以CRF01AE和CRF07_BC为主，分别占45.5％和30.1％。而IDU人群主要为CRF08_BC(54.3％)和CRF07_BC(22.1％)。进化分析显示，广州MSM人群中，CRF07_BC和CRF01_AE序列分别聚集为一或二个毒株簇，新疆，泰国，云南等地IDU和异性性行为人群序列位于外围。IDU人群中，CRF07_BC序列变异较大，散在分布;CRF01_AE毒株与异性性行为人群聚集成簇，存在密切传播关系。无论是MSM人群或IDUs，两个亚型毒株在各地区之间呈现交叉分布，没有地域限制。CRF08_BC流行于IDU人群中，形成特有的广州簇。在所有亚型中，env和gag的基因距离大于pol。同一基因不同亚型的进化距离不同，subtypeB和CRF01_AE距离较大，CRF07_BC和CRF08_BC居中，CRF55_01B距离最小。研究得到一条来自MSM人群的近全长基因组序列GD698，由CRF07_BC和CRF55_01B重组构成，是一种新型的URF。与其他CRF07_BC/CRF55_01B重组株相比，GD698两个片段均来自MSM人群，有着独特的重组断点和镶嵌结构。另外，在296条HIV-1CRF07_BC亚型毒株中，54.1％的序列含有7个氨基酸的缺失(aa30-36，PIDKELY)。IDU人群p6△7流行率为37.3％，MSM人群为92.3％。IDU人群p6△7序列数量随时间而增加。2002年以前约为27.3％，2003-2007年增长为31.4％，到2013年流行率约为66.7％。各地区流行情况也不一致，以南部较高(68.8％)，北部居中(41.2％)，西部最低(15.4％)。MSM人群则一直保持较高流行水平，不随时间或地区变化。进化分析显示，MSM人群的p6△7毒株来自其他含p6△7的序列，随病毒快速传播，形成单一的毒株簇。而IDU人群p6△7序列起源于没有缺失的毒株，呈散在分布。
　　结论：
　　广州地区MSM和IDU人群HIV-1基因亚型分布呈现多样性，两人群的基因亚型有所不同，IDU人群主要流行的基因亚型为CRF08_BC，MSM人群主要流行的基因亚型为CRF01_AE。IDU人群中HIV-1序列变异程度大，流行时间长;MSM人群毒株聚集成簇，传播速度快。MSM人群中首次发现一株由CRF07_BC和CRF55_01B重组构成的新型URF，命名为GD698。CRF07_BC P6蛋白的7个氨基酸缺失毒株的流行情况存在人群、时间、地域差异，广州流行率较高。

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作者
吴玥;
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作者单位

南方医科大学;

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授予单位南方医科大学;
学科流行病与卫生统计学
授予学位硕士
导师姓名胡贵方,唐时幸;
年度 2017
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类 R512.910.2;
关键词
艾滋病; HIV-1病毒; 基因分型; P6蛋白; 氨基酸缺失; 流行病学; 进化关系;

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