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山羊TYRP1基因和PMEL基因转录调控机制研究

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摘要

1.1.1 毛色遗传现状

1.1.2 TYRP1基因参与黑色素形成过程

1.1.3 PMEL基因参与黑色素形成过程

1.1.4 动物毛色的作用

1.2 TYRP1基因和PMEL基因作用机理及其研究现状

1.2.1 TYRP1基因作用机理及其研究现状

1.2.2 PMEL基因作用机理及其研究现状

1.3 山羊TYRP1基因和PMEL基因作用机理及其研究现状

1.4.1 真核生物的启动子

1.4.2 启动子的研究方法

1.5 转录因子结合位点的研究方法

1.5.1 真核生物转录因子

1.5.2 转录因子结合位点的研究方法

1.6 本研究的主要内容和意义

2.1.1 山羊DNA样品

2.1.2 菌株

2.1.3 质粒

2.1.4 细胞

2.1.5 主要试剂及其配置方法

2.1.6 仪器设备

2.1.7 分子生物学及数据分析软件

2.2 方法

2.2.1 山羊DNA的提取

2.2.2 山羊TYRP1基因引物设计

2.2.3 山羊PMEL基因引物设计

2.2.4 PCR扩增

2.2.5 琼脂糖凝胶电泳检测

2.2.6 PCR产物的回收和纯化

2.2.7 PCR回收产物与T-Vector pMD19(SimP1e)连接

2.2.8 连接产物的转化

2.2.9 重组质粒的快速筛选

2.2.10 质粒的小量提取

2.2.11 重组质粒和pGL3-Basic质粒的双酶切及目的片段回收

2.2.12 酶切后的片段的连接及转化

2.2.13 阳性重组质粒pGL3-Basic-X的鉴定

2.2.14 阳性重组质粒pGL3-Basic-X的无内毒素大量提取和浓度测定

2.2.15 细胞培养

2.2.16 细胞瞬时转染

2.2.17 Dual-Luciferase Reporter Assay System鉴定

2.2.18 数据处理

3 结果与分析

3.1.3 TYRP1基因候选启动子区同源序列分析

3.1.4 PMEL基因候选启动子区同源序列分析

3.1.7 山羊TYRP1基因和PMEL基因启动子候选区域的预测结果

3.1.8 山羊PMEL基因转录因子的预测结果

3.2 山羊TYRP1基因和PMEL基因预测启动子片段的获得

3.3 重组质粒pMD19-X的获得

3.3.3 重组质粒pMD19-X测序鉴定

3.4.2 重组质粒pGL3-Basic-X酶切鉴定

3.4.3 重组质粒pGL3-Basic-X测序鉴定

3.5 细胞培养

3.6 细胞瞬时转染及缺失片段的活性分析

3.6.1 最佳转染效率的确定

3.6.2 山羊TYRP1基因和PMEL基因启动子缺失片断活性分析

3.6.3 山羊PMEL基因核心启动子区转录因子结合位点活性分析

4.1 启动子生物信息学分析

4.2 TYRP1基因非启动子活性区分析

4.3 PMEL基因启动子活性区分析

4.4 转录因子结合位点分析

5 结论

参考文献

在读期间发表论文情况

作者简历

致谢

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摘要

酪氨酸相关蛋白1(tyrosinase related protein1,TYP1)基因和前黑素小体蛋白(premelanosome protein,PMEL)基因是调控动物毛色的主要候选基因,色彩多样的毛色不仅能丰富人们的生活,其颜色的变化对自身的生长速度、对抗疾病的能力和生产性能有重要影响。启动子作为基因表达调控的“指挥者”,不仅能决定转录起始,还能调控基因表达的强弱。本研究利用生物信息学、比较基因组学、分子克隆、双酶切和双荧光素酶报告系统探究影响山羊黑色素形成的TYRP1和PMEL基因启动子区域,通过点突变技术对核心启动子区域的转录调控元件进行突变。结果对揭示山羊被毛颜色的分子遗传机制具有重要作用。
  本研究对山羊TYRP1基因和PMEL基因5'侧翼序列为模板分别构建不同长度的缺失报告基因载体,转染至293T细胞和A375细胞,利用双荧光素酶报告系统检测萤火虫荧光素酶活性和海肾荧光素酶活性,通过T检验验证每个待测片段的启动子活性,通过单因素方差分析比较不同待测片段间的启动子活性。
  结果表明山羊TYRP1基因构建的缺失重组载体与阴性对照相比无显著差异,提示山羊TYRP1基因转录起始位点之前的1405 bp不是启动子区域;根据生物信息学预测和比较基因组学结果提示山羊PMEL基因在5'侧翼序列可能存在4个启动子候选区,对4个候选区域分别构建缺失重组载体,293T细胞和A375细胞检测结果表明-913/+76区域为启动子区域,其中-251/+76为核心转录区,-251/-62区域的缺失造成启动子活性从最高到无,表明该区域对山羊PMEL基因转录调控有重要影响,对-251/-62区域的转录因子结合位点进行预测,综合多个软件结果,提示在-206/-197、-186/-174、-151/-139、-91/-82和-82/-71存在NF-1、Sp1和CREB转录因子结合位点。利用点突变技术对上述调控元件进行突变、克隆和转染,利用双荧光素酶报告系统检测野生型及突变体在293T细胞和A375细胞内的活性。结果提示NF-1(-206/-197)、Sp1(-186/-174)和Sp1(-151/-139)、CREB(-91/-82)和Sp1(-82/-71)结合位点为山羊PMEL基因转录的正调控元件。
  综上所述,确定了山羊PMEL基因核心启动子区(-251/+76),确定NF-1、Sp1和CREB对山羊毛色基因PMEL核心启动子区的转录调控有增强作用,为进一步揭示该基因参与调控山羊被毛颜色的分子遗传机制奠定了基础。

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