基于支持向量机和蛋白质全序列的蛋白质-蛋白质相互作用预测

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第一章 引言

1.1 生物信息学简介

1.1.1 生物信息学的定义

1.1.2 生物信息学的主要研究内容

1.1.3 生物信息学的研究意义

1.2 蛋白质相关知识

1.2.1 20种氨基酸简介

1.2.2 蛋白质的结构

1.2.3 蛋白质的功能

1.3 蛋白质-蛋白质相互作用研究意义及现状

1.3.1 蛋白质-蛋白质相互作用研究意义

1.3.2 蛋白质-蛋白质相互作用研究现状

1.4 本论文的主要研究内容与创新点

1.4.1 论文的主要研究内容

1.4.2 论文的主要创新点

第二章 蛋白质间相互作用研究相关方法与数据库介绍

2.1 蛋白质-蛋白质相互作用的研究方法

2.1.1 研究蛋白质-蛋白质相互作用的实验方法

2.1.2 蛋白质-蛋白质相互作用研究的生物信息学计算方法

2.2 蛋白质相互作用数据库简介

2.2.1 DIP数据库

2.2.2 BIND数据库

2.2.3 MIPS数据库

第三章 支持向量机及相关软件介绍

3.1 支持向量机简介

3.1.1 支持向量机产生与发展

3.1.2 支持向量机原理

3.2 MATLAB软件介绍

3.2.1 MATLAB概述

3.2.2 MATLAB语言的优势及特点

3.3 LIBSVM软件介绍

3.4 EmEditor编辑器介绍

第四章 实验数据来源构建处理及预测结果评价方法

4.1 数据来源

4.1.1 正数据集的构建

4.1.2 负数据集的构建

4.1.3 独立预测数据集的构建

4.2 训练集和预测集的选取

4.3 蛋白质序列数据的表达

4.4 预测结果的评价方法

第五章 应用支持向量机方法预测蛋白质-蛋白质相互作用

5.1 氨基酸五位编码方法预测蛋白质间相互作用

5.1.1 氨基酸五位编码方式

5.1.2 SVM最适参数的选择

5.1.3 实验方法

5.1.4 预测结果和讨论

5.2 氨基酸7个理化参数编码方法预测蛋白质-蛋白质相互作用

5.2.1 氨基酸7个理化参数编码方式

5.2.2 SVM最优参数选择

5.2.3 实验方法

5.2.4 预测结果和讨论

5.3 小结

第六章 结论与展望

参考文献

附录 附录A 数据集1-let和Psnb的氨基酸五位编码方法的重复5次预测结果：

个人简历 在学期间发表的学术论文与研究成果

致谢