狍茸顶端组织转录组分析及功能基因克隆检测

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狍(Capreolus pygargus)是我国重要的经济动物，具有广泛的市场应用前景。本研究通过Illumina/Solexa测序平台进行狍茸顶端组织转录组测序，使用自体组装软件Trinity对测序短序列reads进行从头组装，建立狍茸顶端组织转录组数据库。并与蛋白数据库Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG进行序列比对、功能注释及代谢通路分析;与已有的梅花鹿鹿茸顶端组织转录组数据库进行简单比较分析;在此基础上，我们选出癌症通路中ANXA-2和PTN功能基因进行克隆测序，获得了包含这两个基因全部编码区的cDNA序列，并与转录组测序数据库中拼接组装得到的这两个Unigene的cDNA序列进行比对，以佐证转录组测序数据库的准确性。从转录组水平开展对狍茸的研究，更有利于揭示狍茸的生长机制，为提高狍茸产量和质量提供理论依据。
　　1、狍茸顶端组织转录组测序共得到的5千多万个高质量短序列reads，采用组装拼接后共获得两端不能再延长的Unigenes36865个，平均长度932nt，N50值为1579m，接近98％的序列测序质量值均在Q20（碱基测序错误率为1％）。
　　2、在数据库比对及功能基因的注释过程中，发现与Nr数据库比对上的Unigenes共22983条，可以直接确定其CDS区及序列方向。其余序列用ESTscan软件进行编码区预测，结果表明有510条可能为新的蛋白编码序列;在COG功能分类，共有8668条Unigenes被归类到25个功能类别中;通过GO功能分类，共有18273条Unigenes被归类到61个功能类别中;通过KEGG代谢通路分析，共有17284条基因注释到258个信号通路中。
　　3、对狍茸转录组数据进行整体筛选分析，按照FPKM值从高到低的顺序排序发现，表达量较高的一类蛋白是胶原蛋白，在胶原蛋白中表达量最高的是COL1A1、COL1 A2，COL16A1、COL9A1、COL27A1。并且发现至少141种与生长相关的基因及受体，生长相关高表达基因中高表达的有TGFB3、IGF、TGFBP、IGF4、CTGFP、PDGFR等;挑选出至少259种转录因子，这一类与转录相关高表达的基因中，表达量最高的为ATF4、TFAP1、GTFIIF、SNAI2、JunB、TFp65等;挑选出至少384种细胞外基质，大部分的细胞外基质主要集中在胶原类成分。
　　4、克隆包含ANXA-2与PTN基因全部编码区的cDNA序列，分别编码339和168个氨基酸。与转录组数据库所测得序列进行比对，相似性分别为99.7％和99.0％，进一步佐证了本转录组测序结果的准确性。

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作者
赵姬臣;
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作者单位

东北林业大学;

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授予单位东北林业大学;
学科动物遗传育种与繁育
授予学位硕士
导师姓名夏彦玲;
年度 2016
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总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类药用动物;生理、解剖及生态环境;
关键词
狍; 狍茸; 顶端组织; 转录组测序; 功能基因; 克隆检测;

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