声明
1. 引言
1.1. 结构预测
1.1.1. 复合体结构预测
1.1.2. 打分函数
1.1.3. 基于知识的打分函数的发展
1.1.4. 基于知识的打分函数在蛋白质-RNA复合体结构预测中的应用
1.2. 固有无序蛋白质综述
1.2.1. 历史
1.2.2. 定义
1.2.3. 组成
1.2.4. 进化
1.2.5. 功能
1.2.6. 无序蛋白质的预测
1.2.7. 无序蛋白质研究现存的一些问题
1.3. 利用分子动力学方法验证和分析对接方法预测的结构
1.3.1. 细胞周期蛋白质依赖性激酶简介
1.4. 论文研究内容以及章节安排
2. 利用分子间的π-π相互作用提高打分函数的表现
2.1. 概述
2.2. 数据集
2.3. 原理与方法
2.3.1. 统计对象及描述方法
2.3.2. 打分函数的构建
2.4. 结果与分析
2.4.1. Scoreπ打分函数在测试集中的表现
2.4.2. 统计间隔的划分
2.4.3. 打分函数Zscore的分布
2.5. 总结
3. 3dRPC-Score：基于残基-碱基配对构象的打分函数设
3.1. 概述
3.2. 数据集与方法
3.2.1. 数据集
3.2.2. 提取标准配对
3.2.3. 建立统计势
3.2.4. 训练打分中的常数
3.2.5. 对复合体打分
3.3. 结果
3.3.1. Xiaoqin Zou的RPDOCK测试集
3.3.2. Xiaoqin Zou的ZDOCK测试集
3.3.3.Perez Cano的RPDOCK的测试集
3.4. 分析与讨论
3.4.1. 构象类的划分
3.4.2. 3dRPC-Score统计对象特点
3.4.3. 3dRPC-Score中的参数取值。
3.4.4. 3dRPC-Score的优势
3.5. 总结
4. 共进化信息编码固有无序蛋白质三级结构
4.1. 概述
4.2. 方法与材料
4.2.1. 直接耦合分析
4.2.2. 数据集
4.2.3. 分区方法
4.3. 结果与讨论
4.3.1. 直接耦合分析在有序蛋白质（Ordered protein）中的表现
4.3.2. 直接耦合分析在无序蛋白质的不同区域中的表现
4.3.3. 共进化配对（co-pair）与结构配对（contact）对比实例
4.3.4. 无序蛋白质的结合态（bound state）与自由态（unbound state）
4.3.5. 未解出结构的序列
4.4. 总结
5. 利用分子动力学模拟方法验证和分析预测到的复合体结构——针对CDK为靶点的抗HIV-1病毒的药物设计
5.1. 概述
5.2. CDK2为靶点的多肽抑制剂设计
5.2.1. 多肽序列的选择
5.2.2. 多肽对CDK2/Cyclin复合体的作用
5.2.3. 结果分析
5.3. 总结
6. 总结与展望
6.1. 总结
6.1.1. 蛋白质-RNA复合体结构预测中打分函数的构建。
6.1.2. 固有无序蛋白质序列共进化信息与结合态结构之间的关系。
6.1.3. 分子动力学模拟在复合体结构预测中的应用
6.2. 展望
致谢
参考文献
附录 攻读博士期间发表论文目录
附表
