微小反向重复转座子(MITE)对水稻基因表达和基因组分化的作用及番茄特有miRNA基因的演化

声明

摘要

缩略语表

第一章 MITE对在水稻基因表达和基因组分化的作用

1．1 前言

1．1．1 转座子

1．1．2 微小反向重复转座子(MITE)

1．1．3 本研究的目的和内容

1．2 材料和方法

1．2．1 原始数据集及软件

1．2．2 分析方法和流程

1．3 结果与分析

1．3．1 从头鉴定MITE的方法RSPB

1．3．2 水稻基因组中的MITE家族

1．3．3 MITE随机分布在基因组非编码区

1．3．4 MITE家族在不同的时期发生快速扩增

1．3．5 MITE在水稻不同栽培品种之间引入多态性

1．3．6 MITE产生的正义/反义转录本

1．3．7 近1/4水稻小RNA由MITE产生

1．3．8 靠近MITE的基因表达水平低于远离MITE的基因

1．4 讨论

1．4．1 RSPB鉴定MITE的效率

1．4．2 水稻基因组中的MITE

1．4．3 MITE的扩增是偶发的

1．4．4 水稻基因组中MITE的分布和演化选择

1．4．5 源自MITE的小RNA

1．4．6 MITE对基因表达的影响

1．4．7 结论与展望

第二章 番茄特有MIRNA基因的演化

2．1 前言

2．1．1 植物miRNA

2．1．2 植物MIRNA基因的演化

2．1．3 本研究的目的和内容

2．2 材料与方法

2．2．1 原始材料及软件

2．2．2 分析方法

2．3 结果与分析

2．3．1 番茄和马铃薯miRNA预测

2．3．2 番茄特有MIRNA基因

2．3．3 番茄MIRNA基因在基因组上的分布

2．3．4 番茄特有MIRNA位点在茄属内的序列变化

2．3．5 sly-newt22位点在番茄物种分化过程中发生了显著变化

2．3．6 番茄特有miRNA的功能预测

2．4 讨论

2．4．1 MIRNA基因的预测

2．4．2 番茄特有MIRNA基因的演化

2．4．3 sly-newt22是伴随番茄演化进程而形成的MIRNA基因

2．4．4 结论和展望

参考文献

附录

附录1 水稻中的MITE家族

附录2 本研究中鉴定的番茄和马铃薯miRNA

附表2-1 番茄miRNA

附表2-2 马铃薯miRNA

附录3 本研究所使用的番茄材料

附录4 PCR检测茄属植物MIRNA位点同源序列

附4．1 CATB大量法提取植物基因组DNA

附4．2 PCR特异条带扩增及检测

附4．3 所用引物列表

附录5 作者简介

致谢