利用表达谱芯片技术研究中外猪种不同时期肌肉组织中的表达差异基因

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第一章 文献综述

1 前言

2.猪骨骼肌生长发育

2.1.猪肌肉纤维的类型

3.影响猪肌肉品质的因素

3.1.肌内脂肪生理学

3.2.三酰甘油在肌肉纤维中的含量

3.3.肌肉组织中的脂肪酸代谢

3.4.肌内脂肪细胞分化

3.5.肌纤维类型与猪肉品质

3.6 肌内脂肪与猪肉品质

3.7 肌纤维相关基因

4 研究中外猪种肌肉基因差异表达的意义

5 基因芯片技术简介

5.1 基因芯片微阵列平台

5.2 阵列设计

5.3 目前的应用

第二章 研究的目的意义

第三章 材料和方法

1 材料

1.1 试验样品

1.2 主要仪器与设备

1.3 主要药品及试剂

1.4 主要化学试剂的配制

1.5 主要生物信息学软件以及数据库

2 试验方法

2.1 背最长肌的组织RNA提取

2.2 基因芯片杂交试验

2.3 cDNA的合成制备与检测

2.4 QPCR验证基因芯片

2.5 差异表达基因的筛选

2.6 基因芯片结果表达模式分类

2.7 MAS系统对分析筛选结果进行分子生物学注释

2.8 梅山猪转录水平与蛋白水平差异表达基因的比较分析

第四章 结果与分析

1.基因芯片实验结果分析

2 差异基因筛选结果

3 差异基因的表达模式

4.SOM分类分析

5 共峰比对

6 错峰比对

7 七个基因的定量PCR分析

8 分子生物学注释

8.1 共峰比对的基因所涉及到的主要pathway

8.2 差异表达基因Gene ontology(GO)分析

9 梅山猪转录水平与蛋白水平差异表达基因的比较分析

第五章 讨论

1 关于数据分析方法

2 共峰比对

2.1 第一波峰涉及的通路讨论

2.2 第一波峰差异基因

2.3 第二波峰涉及的通路讨论

2.4 第二波峰差异基因

2.5 第三波峰差异基因

2.6 第四波峰差异基因

3 错峰比对

3.1 梅山猪滞后波峰基因

3.2 约克夏波峰滞后基因

4 差异基因调控网络分析

4.1 细胞凋亡相关

4.2 肌肉结构相关

4.3 肌肉生成相关

4.4 糖原代谢相关

4.5 糖酵解相关

4.6 脂肪代谢相关

第六章 总结

1 主要研究成果

2 主要创新点

3 本研究的不足之处

4 值得进一步研究的问题

参考文献

附录

在读期间发表文章

致谢