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水稻T-DNA插入突变体库侧翼序列的分离和OsBClL家族基因的功能研究

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文摘

英文文摘

缩略名词表

1 前言

1.1 水稻功能基因组研究

1.1.1 水稻全基因组测序工程

1.1.2 水稻全基因组的表达分析

1.1.3 基于突变体的水稻功能基因组研究

1.2 几种T-DNA插入侧翼序列的分离方法

1.2.1 热不对称交错PCR(TAIL-PCR)

1.2.2 反向PCR

1.2.3 质粒拯救

1.2.4 接头PCR

1.2.5 主要的水稻突变体研究单位及侧翼序列数据库

1.3 纤维素合成机理的研究进展

1.3.1 植物细胞壁

1.3.2 纤维素

1.3.3 纤维素合成酶复合物

1.3.4 影响纤维素合成的突变体

2 本研究的目的和意义

3 材料与方法

3.1 实验材料

3.1.1 植物材料

3.1.2 菌株和质粒

3.2 实验方法

3.2.1 T-DNA插入突变体库植株的阳性检测

3.2.2 T-DNA插入阳性植株侧翼序列的分离

3.2.3 OsBC1L家族成员的序列和系谱分析

3.2.4 基因芯片、RT-PCR和Real-time PCR表达分析

3.2.5 突变家系的基因型检测

3.2.6 遗传转化载体的构建

3.2.7 Southern杂交

3.2.8 组织化学染色与光学显微镜

3.2.9 扫描电镜

3.2.10纤维素和木质素含量的测定

3.2.11原位杂交

3.2.12 OsBC1L4蛋白的亚细胞定位

3.2.13 OsBC1L4蛋白的酵母双杂交实验

3.2.14花粉萌发实验

4 结果与分析

4.1 水稻T-DNA插入突变体库植株的阳性检测

4.2 水稻T-DNA插入阳性植株侧翼序列的分离

4.3 田间筛选具有分蘖突变表型的T-DNA插入家系

4.4 水稻OsBC1L家族成员的分子特征、表达模式和功能分析

4.4.1 水稻OsBC1L家族成员的发掘和序列分析

4.4.2 OsBC1L基因在水稻染色体中的复制

4.4.3 水稻OsBC1L家族的系谱分析

4.4.4 水稻OsBC1L家族基因的表达谱

4.4.5 水稻OsBC1L基因插入突变体的获得和表型鉴定

4.5 OsBC1L4基因的突变表型和功能分析

4.5.1 一个分蘖少、矮化突变体的表型分析

4.5.2 OsBC1L4基因的遗传分析和克隆

4.5.3 OsBC1L4编码一个GPI锚定的COBRA-like蛋白

4.5.4 osbc1l4突变体的细胞学缺陷

4.5.5 osbc1l4突变体纤维素含量降低

4.5.6 OsBC1L4基因的表达模式

4.5.7 OsBC1L4蛋白的亚细胞定位

4.5.8 OsBC1L4基因与其他纤维素合成相关基因的关系

4.5.9 几个纤维素合成基因和OsBC1L基因在osbc114突变体中的表达

4.6 OsBC1L5基因的功能分析

4.6.1 osbc115基因型雄配子缺陷

4.6.2 osbc115基因型花粉发育正常

4.6.3 OsBC1L5基因影响水稻花粉管的伸长

4.6.4 osbc115双链抑制植株育性降低

4.7 LTW1基因的突变表型及功能分析

4.7.1 ltw1突变体的形态特征

4.7.2 LTW1基因的克隆

4.7.3 LTW1基因等位突变体的鉴定

4.7.4 LTW1基因编码一个“C2 domain-containing”蛋白

4.7.5 LTW1基因的表达模式

5 讨论

5.1 水稻突变体库是功能基因组学研究的一个重要工具

5.2 水稻的OsBC1L基因家族

5.3 水稻的OsBC1L基因表现多种多样的表达模式

5.4.OsBC1L基因间存在一定程度的功能冗余

5.5 OsBC1L4基因的生物学功能

5.5.1 OsBC1L4基因的突变引起了一系列纤维素缺陷的表型

5.5.2 OsBC1L4基因主要影响初生壁,它对次生壁的影响是次要的

5.5.3 水稻纤维素合成过程存在一系列反馈机制

5.6 OsBC1L5可能是水稻花粉发育中的一个关键基因

5.7 LTW1基因的生物学功能和作用机理探讨

参考文献

附录1 :部分试验的详细步骤

附录2 :个人简历

致谢

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摘要

随着水稻基因组测序的完成,水稻基因组学研究已经步入功能基因组学时代。为了在基因组或系统水平上全面分析水稻基因的功能,最直接有效的方式是构建大量的突变群体,然后利用正向遗传学或反向遗传学策略进行基因功能的研究。对于T-DNA或转座子等插入型突变体的基因克隆,无论采用正向遗传学方法或采用反向遗传学方法,都必须分离插入位点的侧翼序列。通过建立侧翼序列数据库,人们可以很容易地检索到目的基因的突变体,从而进行基因克隆。
   本研究以本实验室的T-DNA插入突变体库为材料,完成了12,432份T0代转基因植株的PCR阳性检测工作,利用TAIL-PCR技术分离得到T-DNA插入位点侧翼序列5,082条。COBRA-like蛋白在植物纤维素合成和细胞扩张中具有重要的作用,本研究采用正向遗传学与反向遗传学相结合的方法,研究鉴定了水稻中两个COBRA-like基因OsBC1L4和OsBC1L5的生物学功能。本研究还克隆了一个影响水稻分蘖数的基因LTW1并进行了功能分析。
   本研究获得的主要研究结果如下:
   1.完成12,432份水稻T-DNA插入突变体库TO代转基因植株的PCR阳性检测工作,其中10,770个家系为T-DNA插入阳性植株,T-DNA阳性率约为86.6%。
   2.对T-DNA插入阳性的家系分离侧翼序列,共计得到T-DNA插入位点侧翼序列5,082条,其中的2,644条序列与水稻基因组匹配较好(E-value<10-5),基因组定位率约为52.0%。
   3.通过对分蘖突变表型的正向筛选,获得2个T-DNA侧翼序列和分蘖突变性状共分离的家系04Z11EM13(OsBC1L4)和LTW1。
   4.对水稻OsBC1L家族成员进行了分子特征、染色体位置、系谱关系及表达分析,并通过反向遗传学策略,搜集了5个OsBC1L基因的插入家系,发现OsBC1L5基因参与水稻花粉的发育。
   5.在04Z11EM13家系中,T-DNA插入到OsBC1L4基因的第4个外显子中,造成了分蘖少、矮化的突变表型。通过共分离检测和互补实验克隆了OsBC1L4基因。经光学显微镜和扫描电镜观察,发现osbc1l4突变体具有不正常的细胞扩张、降低的次生壁厚度和增力的淀粉积累。通过测定纤维素和木质素含量,发现osbc1l4突变体的纤维素含量下降了24%。采用RT-PCR和组织原位杂交技术分析了OsBC1L4基因的表达模式,发现该基因在薄壁组织和厚壁组织都有表达。通过进行OsBC1L4蛋白的亚细胞定位,发现该蛋白主要位于细胞壁和细胞膜上。通过表达相关性分析,发现OsBC1L4基因与初生壁形成相关的纤维素合成酶基因共表达。用real-time方法检测了纤维素合成相关基因和OsBC1L基因在osbc1l4突变体与野生型中的表达量,发现纤维素合成相关基因的表达在osbc1l4突变体中升高了,这可能反映了纤维素合成过程中的一种反馈机制,即通过升高其它纤维素合成相关基因的表达来弥补osbc1l4突变体中的纤维素损失。
   6.在OsBC1L5家系中,T-DNA插入到OsBC1L5基因的唯一的外显子中。该Tos17插入家系无纯合单株。通过杂合植株与野生型植株的正反杂交,发现osbc1l5基因型的雄配子缺陷。经体外花粉萌发实验,发现OsBC1L5基因可能参与水稻花粉的萌发。通过RNAi抑制实验,发现OsBC1L5基因对水稻花粉壁的发育可能也有影响。
   7.在LTW1家系中,T-DNA插入到LTW1基因的唯一的外显子中,造成了分蘖少、易枯萎的突变表型。通过共分离检测和互补实验克隆了LTW1基因。另外,在韩国POSTECH突变体库找到了一个LTW1基因的等位突变体,发现它具有与LTWI家系相同的突变表型,并且这种突变表型与在LTW1基因内的T-DNA插入也是共分离的。通过对韩国等位突变体(promoter trap line)的GuS染色,研究了LTW1基因的表达模式。

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