猪横纹肌高表达新基因的克隆、定位、表达谱分析及SNPs与经济性状和肌纤维性状的关系研究

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基金项目

1 文献综述

1.1 研究问题的由来

1.2 猪肌肉品质的相关研究

1.2.1 肌纤维性状及其与肉质的关系

1.2.2 影响肉质的其他主要性状

1.3 猪肌肉品质相关候选基因研究进展

1.3.1 肌纤维生长发育候选基因的研究进展

1.3.2 其他相关候选基因的研究进展

1.4 基于EST的新基因分离方法

1.4.1 依据

1.4.2 表达序列标签(EST)

1.4.3 基因的电子克隆

1.5 研究的四个基因的进展

1.5.1 MARPs(肌肉锚定重复蛋白家族)

1.5.2.ASB15(Ankyrin repeat and SOCS box protein 15)

2 研究的目的和意义

3 材料与方法

3.1 材料

3.1.1 组织样品

3.1.2 DNA样品

3.1.3 主要试剂

3.1.4 主要试剂的配制

3.1.5 菌株

3.1.6 酶和试剂盒

3.1.7 主要仪器设备

3.1.8 主要分子生物学软件、统计软件和相关网站

3.2 方法

3.2.1 候选基因的克隆方法

3.2.3 用RACE方法获取ANKRD2基因的全长cDNA

3.2.4 基因染色体定位的SCHP和IMpRH法

3.2.5 基因组织表达谱与时期表达谱研究

3.2.6 基因的多态性检测方法

3.2.7 基因多态性与性状的关联分析方法

3.2.8 肌纤维性状测定

4 结果

4.1 基因的克隆与cDNA全长获取

4.1.1 RT-PCR扩增的结果

4.1.2 猪ANKRD2基因cDNA与氨基酸序列分析结果

4.1.3 猪ANKRD23基因cDNA与氨基酸序列分析结果

4.1.4 猪ASB15基因cDNA与氨基酸序列分析结果

4.2 基因的染色体定位结果

4.2.1 染色体区域定位结果

4.2.2 精细定位结果

4.3 基因的组织表达谱与时期表达谱结果

4.3.1 ANKRD1基因的组织表达谱结果

4.3.2 ANKRD2基因的组织表达谱与时期表达谱结果

4.3.3 ANKRD23基因的组织表达谱与时期表达谱结果

4.3.4 ASB15基因的组织表达谱与时期表达谱结果

4.4 猪ANKRD2基因遗传多态性检测分析结果

4.4.1 ANKRD2基因两个位点的多态性检测

4.4.2 遗传变异检测结果

4.4.3 基因在不同猪群中的多态性分析结果

4.5 猪ANKRD2的遗传变异与部分经济性状的关联分析结果

4.6 通城猪肌纤维形态测定结果及与其ANKRD2基因的关系研究

4.6.1 通城猪肌纤维形态测定结果

4.6.2 ANKRD2基因多态性检测分析结果

5 讨论

5.1 关于基因的全长获取及分析

5.2 关于四个基因的物理定位结果

5.3 关于基因的组织及时期表达谱

5.3.1 通过半定量RT-PCR的方法研究基因的组织及时期表达谱

5.3.2 通过Real-time Q-PCR进行时期表达谱

5.4 关于ANKRD2基因的多态检测及性状关联分析

5.4.1 ANKRD2基因第五外显子的多态检测及性状关联分析

5.4.2 ANKRD2基因第八外显子的多态检测及性状关联分析

5.5 关于肌纤维形态研究

6 小结

6.1 本研究获得的结果

6.2 本研究的创新点

6.3 本研究不足之处及下一步值得研究的工作

参考文献

附录1 缩略词表

附录2 主要性状的中英文对照和缩写

附录3 ANKRD2基因的mRNA序列

附录4 ANKRD23基因的部分mRNA序列

附录5 ASB15基因的部分mRNA序列

在读期间发表(待发表)论文题录

致谢