通城猪33天和65天胚胎骨骼肌的LongSAGE分析及3个基因全长cDNA的分离、定位和组织表达谱研究

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基金项目资助

1 文献综述

1.1 猪基因组研究现状

1.2 利用LongSAGE技术进行转录谱(Transcriptome)分析

1.2.1 SAGE技术的发展

1.2.2 SAGE技术的一般原理和实验过程

1.2.3 转录谱的研究方法

1.2.4 LongSAGE技术是研究转录谱与识别新基因的有效方法

1.3 猪骨骼肌发生和发育的研究现状

1.3.1 骨骼肌发生和发育的一般过程

1.3.2 骨骼肌发生和发育的分子调控机制

1.3.3 关于猪肌纤维的研究

1.3.4 猪胚胎骨骼肌的研究现状

1.4 猪33天和65天胚胎骨骼肌转录谱研究的必要性

1.5 3个猪差异表达基因BIN1,TNNT2和TNNI2的研究现状

1.5.1 BIN1(Bridging integrator 1)基因

1.5.2 TNNT2(Troponin T2)基因和TNNI2(Troponin I2)基因

2 研究目的和意义

2.1 目的

2.2 意义

3 材料和方法

3.1 材料

3.1.1 构建LongSAGE标签库所需材料和试剂

3.1.2 三个差异表达基因的研究材料

3.1.3 主要试剂及配制

3.1.4 主要仪器及分子生物学软件

3.2 方法

3.2.1 胚胎骨骼肌样品的采集

3.2.2 总RNA的提取及完整性检测

3.2.3 RNA的反转录

3.2.4 LongSAGE标签库的构建

3.2.5 LongSAGE标签库的分析

3.2.6 三个差异表达基因全长cDNA的分离

3.2.7 三个差异表达基因的组织表达谱分析

3.2.8 两个差异表达基因的RH物理定位法

3.2.9 利用EST信息寻找SNP位点

4 结果

4.1 T33和T65 LongSAGE标签库的整体情况

4.2 T33和T65转录谱分析结果

4.3 133和T65高表达标签的GO分析结果

4.4 在T33和T65中差异表达的标签统计分析结果

4.5 三个差异表达基因全长cDNA的分离结果

4.5.1 BINI基因的cDNA序列分析

4.5.2 TNNI2基因的cDNA序列分析

4.5.3 TNNT2基因的cDNA序列分析

4.6 三个差异表达基因组织表达谱分析结果

4.7 BIN1和TNNT2基因的RH物理定位结果

4.8 BIN1基因的SNP位点预测结果

5 讨论

5.1 猪胚胎发育时期的选择

5.2 通城猪胚胎骨骼肌33天和65天的转录谱特点

5.3 关于利用LongSAGE方法研究猪胚胎骨骼肌转录谱

5.4 SAGE/LongSAGE数据库分析方法的探讨

5.5 关于高通量方法筛选差异表达基因进行功能研究的思考

6 小结

6.1 本研究获得的主要结果

6.2 本研究的创新点与特色

6.3 本研究的不足之处

参考文献

附录

附录1 缩略词表(Abbreviations)

附录2 附表1-3

附录3 附图1-4

致谢