声明
第1章 绪 论
1.1 研究背景及研究意义
1.2 国内外研究现状
1.2.1 miRNA功能相似性计算研究
1.2.2 miRNA与疾病关系预测研究
1.3 本文主要贡献
1.4 本文组织结构
第2章 miRNA的相似性及其与疾病关联关系计算问题相关概述
2.1 相关数据简介
2.1.1 miRNA-疾病关系数据库
2.1.2 MeSH医学主题词表
2.1.3 其它相关数据集
2.2 对比方法概述
2.2.1 miRNA功能相似性测量方法
2.2.2 疾病-miRNA关系预测方法
2.3 评价指标
（1）准确率 、召回率和 F1分数
（2）AUC (Area Under Curve)
（2）AUPR（Area Under the Precision-Recall curve）
2.4 本章小结
第3章 基于路径的miRNA功能相似性计算方法
3.1 引言
3.2 相关工作
3.3 MFSP
3.3.1 疾病余弦相似性
3.3.2 MiRNA功能相似性
3.4 实验结果
3.4.1 实验设计
3.4.2 性能比较
3.4.3 参数分析
3.4.4 MiRNA网络构建
3.4.5 应用
3.5 本章小结
第4章 基于成组的miRNA功能相似性计算方法
4.1 引言
4.2 相关工作
4.3 GMFS
4.3.1 方法简介
4.3.2 疾病特征
4.3.3 MiRNA功能相似性的计算
4.4 实验
4.4.1 性能
4.4.2 参数的影响
4.4.3 MiRNA网络构建
4.4.4 应用
4.5 本章小结
第5章 基于直推式学习的miRNA-疾病关联关系协作预测方法
5.1 引言
5.2 相关工作
5.3 MiRNA-疾病网络的构建
5.4 CPTL
5.4.1 方法简介
5.4.2 直推式学习
5.4.3 网络更新
5.5 实验
5.5.1 数据集
5.5.2 对比方法
5.5.3 预测性能
5.5.4 参数敏感性分析
5.5.5 网络更新的影响
5.5.6 研究实例
5.6 本章小结
第6章 基于图正则化的疾病相关miRNA半监督预测方法
6.1 引言
6.2 相关工作
6.3 异质miRNA-疾病网络的构建
6.4 MiRNA-疾病链接半监督预测
6.4.1 图正则化框架
6.4.2 迭代算法
6.5 实验
6.5.1 实验结果对比
6.5.2 参数影响
6.5.3 研究实例
6.6 本章小结
第7章 基于异质流形结合靶基因信息预测疾病相关miRNAs
7.1 引言
7.2 相关工作
7.3 网络模型
7.3.1 同质网络模型
7.3.2 两层异质网络模型
7.3.3 异质miRNA-基因-疾病网络模型
7.4 网络构建
7.5 DMHM
7.6 实验结果
7.6.1 性能对比
7.6.2 研究实例
7.6.3 疾病基因预测
7.7 本章小结
结论
参考文献
附录A 攻读学位期间所发表的科研成果
附录B 攻读学位期间所参加的科研项目
致谢
