RNA二级结构图形表示法及相似性分析研究

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生物序列的表示和比较是生物信息处理的两个基本问题，也是近年来生物信息学研究的重点。RNA是重要的生命物质，随着最近非典、禽流感等病毒的出现，作为其主要遗传物质的RNA也逐渐成为研究的重点之一。本文以RNA二级结构的分析比较为背景，提出了新的RNA二级结构图形表示方法，为生物序列的分类、分析、比较和储存等研究提供了新的途径。另外，还展示这些表示法在RNA二级结构相似性分析上的具体应用。通过对现有的RNA图形表示法的研究分析，在廖波提出的三维表示法的基础上，扩充了碱基的分类，增加了假结内外自由基的划分，提出了一种新的RNA二级结构三维图形表示法－S曲线组表示法。采用矩阵不变量的方法，将S曲线组表示法应用在6种典型的RNA分子片断的相似性分析上，可以有效的计算出它们之间的相似度。S曲线组表示法包含更丰富的生物学信息，对RNA分子的相似性比较和分析更加准确。小波分析是近些年来迅速发展的信号处理方法，本文提出了一种可以将RNA二级结构表示成为波形信号的8水平线表示法，从而将小波方法运用到RNA结构的相似性分析中，利用其分解波形能表征信号特征的能力，成功的对8种RNA分子片断做出了相似性分析。突破了传统的矩阵不变量方法，提出了一种相似性分析的新思路。

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作者
单夫一;
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作者单位

湖南大学;

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授予单位湖南大学;
学科计算机应用技术
授予学位硕士
导师姓名骆嘉伟;
年度 2007
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类函数论;
关键词
二级结构; 三维图形表示; 相似度; 波形信号; 小波分析; 生物序列; 生物信息学;

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