基于遗传算法和位置特异性得分矩阵的动态转录因子结合位点识别方法

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第一章引 言

1.1选题背景和意义

1.1.1生物学背景知识

1.1.2转录因子结合位点识别的研究意义

1.2转录因子结合位点识别的研究现状

1.2.1转录因子结合位点的概念

1.2.2转录因子结合位点识别的研究问题

1.2.3转录因子结合位点识别的研究方法

1.3本文研究内容和方法

1.3.1研究内容

1.3.2研究方法

第二章遗传算法与位置特异性得分矩阵基本原理

2.1遗传算法原理

2.1.1遗传算法简介

2.1.2遗传算法的基本思想

2.1.3遗传算法的流程

2.1.4应用遗传算法进行转录因子结合位点识别

2.2位置特异性得分矩阵原理

2.2.1转录因子结合位点的建模方法

2.2.2位置特异性得分矩阵模型

2.2.3应用位置特异性得分矩阵进行转录因子结合位点识别

第三章基于遗传算法和位置特异性得分矩阵的动态转录因子结合位点识别方法

3.1算法基本思想

3.2算法流程

3.3算法分析与设计

3.3.1用基本遗传算法进行转录因子结合位点识别

3.3.2建立位置特异性得分矩阵模型

3.3.3用PSSM模型动态识别剩余序列的motif

第四章实验结果与算法评价

4.1实验数据

4.2控制参数

4.3实验结果

4.4与其他算法比较

第五章结束语

5.1总结

5.2展望

参考文献

致 谢