基于细胞色素c相互作用的产电微生物胞外电子传递机制研究

声明

摘要

第一章 绪论

1．1 产电微生物与微生物燃料电池

1．2 胞外电子传递机制

1．2．1 细胞内电子的产生

1．2．2 胞外电子传递途径

1．2．3 细胞表面的电子传递机制

1．3 希瓦氏菌细胞色素c研究进展

1．3．1 细胞色素c概述

1．3．2 希瓦氏菌细胞色素c内部的电子传递

1．3．3 希瓦氏菌细胞色素c的功能研究

1．4 本论文的主要工作

1．4．1 研究动机

1．4．2 研究意义和内容

1．4．3 论文的组织结构

第二章 基于细胞色素c蛋白质作用网络的EET途径分析

2．1 引言

2．2 数据和方法

2．2．1 细胞色素c网络

2．2．2 中心化分析

2．2．3 模块化分析

2．2．4 亚细胞定位

2．2．5 操纵子预测

2．2．6 基因表达

2．3 结果和讨论

2．3．1 细胞色素c网络的构建

2．3．2 中心化分析

2．3．3 模块化分析

2．4 本章小节

第三章 基于电子传递网络k-shell结构的EET机制分析

3．1 引言

3．2 数据和方法

3．2．1 电子传递蛋白

3．2．2 电子传递网络

3．2．3 K-shell分析

3．2．4 无序区域

3．2．5 亚细胞定位

3．2．6 蛋白质域和它们的相互作用

3．3 结果和讨论

3．3．1 电子传递网络的构建

3．3．2 电子传递网络的k-shell结构

3．3．3 前三层负责电子的产生

3．3．4 第四层负责胞外电子传递

3．3．5 外围层次中的细胞色素c参与辅助胞外电子传递

3．4 本章小结

第四章 整合转录调控的EET途径结构和功能单元分析

4．1 引言

4．2 数据和方法

4．2．1 整合型生物网络

4．2．2 网络模体的检测

4．2．3 蛋白质进化分析

4．2．4 蛋白质的“提前准备”模式

4．2．5 蛋白质富集分析

4．3 结果和讨论

4．3．1 整合型生物网络的构建

4．3．2 网络模体的识别与比较

4．3．3 高保守网络模体的功能

4．3．4 高保守网络模体的泛化

4．4 本章小结

第五章 基于转录调控模块的EET途径辅因子功能分析

5．1 引言

5．2 数据和方法

5．2．1 转录调控作用

5．2．2 蛋白相互作用

5．2．3 转录调控模块

5．2．4 蛋白质组学

5．2．5 蛋白质分析

5．3 结果和讨论

5．3．1 转录调控模块中富含有信号蛋白质

5．3．2 信号蛋白质协调了不同的EET途径

5．3．3 涉及到MtrCAB途径的信号蛋白质

5．3．4 信号蛋白质SO_1417的生物学功能

5．4 本章小结

第六章 总结和展望

6．1 论文总结与创新点

6．2 后期展望

参考文献

附录

致谢

作者简介