基于多重PCR靶向测序的乳腺癌易感基因BRCA1/2全外显子区位点变异检测

声明

摘要

第一章 绪论

1．1 研究背景

1．1．2 BRCA1／2突变研究现状

1．1．3 其它与遗传性乳腺癌相关的易感基因简介

1．1．4 BRCA1／2突变检测方法

1．1．5 目标富集方法

1．1．6 DNA文库构建

1．1．7 BRCA1／2相关乳腺癌的治疗

1．2 研究内容

1．3 研究目的及意义

第二章 BRCA1／2全外显子多重PCR靶向富集引物设计及反应条件优化

2．1 引言

2．2 实验材料

2．2．1 主要实验仪器与设备

2．2．2 主要实验试剂

2．2．3 实验样本

2．3 基因组DNA提取及纯度鉴定

2．3．1 全血液基因组DNA提取

2．3．2 DNA纯度鉴定

2．4 BRCA1全外显子富集

2．4．1 BRCA1特异性引物设计与合成

2．4．2 BRCA1全外显子多重PCR扩增

2．4．3 磁珠纯化

2．4．4 Qubit定量

2．4．5 琼脂糖凝胶电泳

2．4．6 结果与讨论

2．5 BRCA2全外显子富集

2．5．1 BRCA2特异性引物设计与合成

2．5．2 BRCA2全外显子多重PCR扩增

2．5．3 结果与讨论

2．6 本章小结

第三章 BRCA1／2全外显子多重PCR靶向测序及其在正常人群中的测试应用

3．1 引言

3．2 实验材料与方法

3．2．1 实验样本

3．2．2 主要实验仪器与设备

3．2．3 主要实验试剂与分析软件

3．2．4 基因组DNA提取及纯度鉴定

3．2．5 BRCA1／2全外显子富集

3．3 数据分析

3．4 Sanger测序

3．5 结果与讨论

3．5．1 文库产出

3．5．2 文库长度分布

3．5．3 覆盖度、测序深度及捕获效率分析

3．5．4 BRCA1／2全外显子位点变异识别

3．6 本章小结

第四章 BRCA1／2全外显子多重PCR靶向测序技术在乳腺癌患者血液基因组DNA的变异检测中应用

4．1 引言

4．2 实验材料与方法

4．2．1 样本类型及要求

4．2．2 主要实验仪器与设备

4．2．3 主要实验试剂与分析软件

4．2．4 基因组DNA提取及纯度鉴定

4．2．5 BRCA1／2全外显子富集

4．2．6 数据分析

4．2．7 Sanger测序

4．2．8 SNPs致病性分析及预测

4．3 结果与讨论

4．3．1 研究对象基本资料

4．3．2 文库产出

4．3．3 文库长度分布

4．3．4 覆盖度及测序深度分析

4．3．5 BRCA1／2全外显子位点变异识别

4．3．6 健康样本和乳腺癌样本检出SNPs比较

4．3．7 SNPs致病性分析及预测

4．4 成本效益

4．5 本章小结

第五章 总结与展望

致谢

参考文献

作者简介