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鲸类actin基因内元和鲚属线粒体DNA序列变异分析

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第一章鲸类分子系统学研究中不同遗传标记的应用概述

引言

1线粒体DNA

1.1非编码的线粒体DNA控制区

1.2线粒体DNA的Cyt b基因等编码序列

1.3几种mtDNA标记的结合使用或分析mtDNA的全序列

2核DNA分子标记

2.1微卫星DNA

2.2 SINE和LINE

2.3 MHC

2.4其他核基因标记

3 mtDNA与核DNA标记的结合使用

4结束语

参考文献

第二章鲸类actin基因内元的序列变异分析

引言

1江豚actin基因内元的序列变异分析

1.1材料与方法

1.2结果

1.3讨论

2鲸类actin基因内元的序列变异分析

2.1材料与方法

2.2 结果

2.3讨论

参考文献

第三章鲚属线粒体DNA序列变异分析

引言

1材料和方法

1.1样品的采集和DNA提取

1.2 DNA扩增、序列测定和分析

2结果

2.1 12S rRNA基因序列分析结果

2.2 16S rRNA基因序列分析结果

2.3细胞色素b基因序列分析结果

3讨论

3.1关于太湖湖鲚(Coilia ectencs taihuensis)

3.2关于短颌鲚(Coilia brachygnathus)

3.3鲚属各个种的遗传多样性与鲚属的系统发生分析

参考文献

致 谢

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摘要

引用Baker等已发表的核肌动蛋白(actin)基因的内元(intron)引物,使用PCR技术扩增了江豚三个不同地理种群及其它部分鲸类核actin基因内元序列。江豚核actin基因内元序列变异的分析显示,江豚种群内部的遗传多样性极低;三个不同种群之间的分析结果表明江豚的长江种群和黄海种群具有较近的亲缘关系,而和南海种群的亲缘关系较远,推测在长江和黄海之间发生过种群的迁移行为。结合GcnBank检索得到的相关序列,共得到鲸类6科17种22个个体的actin基因intron序列,分析表明同科物种一般聚为单系,支持淡水豚的非单系发生的观点。分析还提示喙鲸与须鲸类的弓头鲸具有较近的亲缘关系。 利用脊椎动物通用引物扩增了鲚属部分个体的线粒体DNA的12SrRNA基因、16S rRNA基因和细胞色素b(Cytb)基因序列,结合下载的部分鲚属个体的同源序列进行分析比对,结果表明鲚属各种种内的遗传多样性水平极低。分析支持太湖湖鲚和刀鲚还没有达到区分亚种的程度;分析还支持短颌鲚和刀鲚为同一物种的观点。鲚属中七丝鲚与其余种的遗传差异最大,凤鲚和太湖湖鲚种内的遗传多样性稍高。

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