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致猪腹泻病毒快速检测方法研究及分子流行病学调查

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目录

摘要

符号说明

计量单位

文献综述

1 病原学特征

2 流行情况

3 病毒的基因组结构与蛋白质功能

3.1 PEDV基因组结构

3.2 病毒结构蛋白功能

3.3 病毒非结构蛋白功能

4 猪流行性腹泻病毒诊断方法研究进展

4.1 RT-PCR法

4.2 ELISA法

4.3 免疫荧光法

4.4 电镜法

4.5 免疫组化技术

4.6 血凝试验

4.7 逆转录环介导等温扩增技术

4.8 胶体金检测方法

5 PEDV的免疫及预防措施

5.2 弱毒疫苗

5.3 基因工程疫苗

6 研究目的及意义

研究内容一 致猪腹泻病毒PCR检测方法的建立

1 材料

1.2 主要试剂和生物材料

1.3 主要仪器

2 实验方法

2.1 引物设计

2.2 处理样品

2.3 提取病料中RNA

2.4 RNA反转录

2.5 PCR条件优化

2.6 特异性实验

2.7 PCR反应条件的优化及反应体系的确定

3 结果

4 讨论

研究内容二 猪流行性腹泻病毒胶体金检测方法的优化

1.2 实验试剂、材料、仪器

1.3 主要溶液配制

2 方法

2.1 腹水的制备

2.2 胶体金的制备

2.3 胶体金试纸条的优化摸索

3 结果

3.1 优化前后试纸条灵敏度检测结果对比

3.2 标记抗体浓度摸索结果

3.4 优化对比结果

3.6 临床样品检测结果

4 讨论

研究内容三 猪流行性腹泻病毒PLA检测方法的初步建立

1 材料

1.1 抗体和检测样品来源

1.2 实验试剂和仪器

2 方法

2.1 抗体结合生物素B

2.2 强制探针结合试验(Force test)

2.3 PLA检测猪流行性腹泻病毒实验

3 结果

3.1 强制探针结合实验结果

3.2 PLA方法初步建立结果

4讨 论

研究内容四 致猪腹泻病毒的流行病学调查

1 材料

1.1 临床样品信息

1.2 材料及仪器

2 实验方法

2.1 引物设计

2.2 目的片段胶回收

2.3 目的片段连接

2.4 连接产物转化

2.5 提取质粒DNA

2.6质粒DNA酶切鉴定

2.7 鉴定后的质粒测序

3 结果

3.2 PEDVM、S1片段PCR扩增图

3.2 猪流行性腹泻病毒目的基因序列分析

4 讨论

全文结论

参考文献

攻读学位期间发表的学术论文

致谢

声明

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摘要

猪腹泻目前对我国养殖业造成了巨大的经济损失,严重制约着我国生猪养殖业的发展,导致的猪腹泻病原有许多,猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒是近年来发生腹泻中最常见的。尤其这些病毒可以导致严重仔猪腹泻,危害极大。
  本文根据GenBank中上传序列,针对三种病毒保守基因PEDV N基因、TGEV N基因、PRoV VP7基因设计了三对特异性引物,建立了三重RT-PCR检测方法,并对建立的RT-PCR检测方法反应体系和条件进行了优化。结果显示建立的三重RT-PCR检测方法具有良好的敏感性和特异性,能有效地应用于三种病毒的流行病学调查。
  对应用本实验室已有两株PEDV单克隆抗体mAb-PEDV-2C11和mAb-PEDV-1C12建立的胶体金快速检测PEDV方法进行优化,对胶体金试纸条的金标垫、样品垫进行处理优化,结合实验室已有硝酸纤维素膜(Nitrocellulose Filter Membrane)种类对NC膜进行选择,对标记抗体浓度进行优化。最终确定选用0.02M PB(pH=8.5)、0.2%吐温-20、1.5%BSA溶液对金标垫进行处理,0.8%的硼酸溶液对样品垫进行处理,选择使用1A/A NC膜作为最终NC膜使用,2mg/mL的mAb-PEDV-1C12作为标记抗体,优化后的检测效果较优化前灵敏度有了较大提升,比优化前提升了8倍。
  初步建立PLA(Proximity Ligation Assay)检测猪流行性腹泻病毒方法,使用生物素B结合实验室已有两株PEDV单克隆抗体mAb-PEDV-1C12、mAb-PEDV-2C11形成探针a(Probe a)和探针b(Probe b),由于单克隆抗体具有特异性从而与抗原结合,两探针在小于40nm范围可以自发结合形成模板,用realtime PCR可以检测到,可以直接用检测到的阴性与阳性差值确定病料中病毒含量,从而省去对病料的RNA提取过程,大大缩短了检测PEDV病毒所需时间。最终结果显示建立的PLA检测猪流行性腹泻病毒方法能对阳性样品和阴性对照进行有效区分。该方法还有待进一步优化,以适应临床检测的需要。
  对江苏扬州、盐城、连云港、常州、河南、广西等地区养猪场进行粪便和肠道样品收集,利用建立好的三重RT-PCR方法对收集到的982份病料进行检测,结果显示总PEDV阳性检出率为9.1%(90/982),TGEV阳性检出率为0.1%(1/982),PRoV阳性检出率为0.2%(2/982)。其中江苏盐城若干家规模养殖场送检的80份样品检测结果阳性率为26.2%(21/80),说明目前PED流行情况仍然存在且较为严重,同时在对盐城采集的样品检测过程中发现1例PEDV、TGEV混合感染,2份PRoV阳性,说明猪场存在不同腹泻病毒共感染情况。将阳性病料的PEDV ORF3片段与NCBI上序列进行比较发现,河南地区主要流行株与CV777、DR13等经典株较接近,江苏地区主要流行PEDV核苷酸序列与美国、泰国、韩国毒株接近,说明我国目前流行性腹泻地区流行性差异较明显。

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