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中国南北方人群HLA-DQA1和DQB1基因多态性研究

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摘要

缩略词表

第1章 引言

1.1 HLA基因

1.2 乳糜泻

1.2.1 小麦过敏

1.2.2 乳糜泻的发病机制

1.3 乳糜泻关联的易感基因

1.3.1 HLA-DQ2和HLA-DQ8基因

1.3.2 其他相关基因:非HLA基因

1.3.3 乳糜泻与其他自身免疫疾病共同的易感基因

1.4 乳糜泻的诊断和筛查

1.4.1 血清学检查

1.4.2 肠黏膜组织学活检

1.4.3 基因检查

1.5 HLA基因分型方法

1.5.1 PCR-RFLP

1.5.2 基因芯片

1.5.3 PCR-SSOP

1.5.4 PCR-SBT

1.5.5 PCR-SSP

1.6 研究的目的、意义和研究内容

1.6.1 研究目的与意义

1.6.2 研究内容

第2章 中国人群的HLA-DQA1和DQB1等位基因及单倍体多态性研究

2.1 引言

2.2 材料与设备

2.2.1 研究对象

2.2.2 材料与试剂

2.2.3 仪器与设备

2.2.4 溶液的配制

2.3 实验方法

2.3.1 血凝块DNA提取

2.3.2 DNA的纯度和浓度鉴定

2.3.3 引物的设计与选择

2.3.4 PCR-SSP反应体系

2.3.5 PCR-SSP反应

2.3.6 琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物

2.3.7 统计学分析

2.4 结果与分析

2.4.1 DNA的浓度和纯度

2.4.2 PCR-SSP扩增产物的电泳图

2.4.3 总人群的HLA-DQA1和HLA-DQB1等位基因频率

2.4.4 DQA1-DQB1单倍体型及频率

2.5 讨论

2.5.1 模板DNA的质量

2.5.2 TD-PCR

2.5.3 中国人群HLA-DQA1和DQB1等位基因及单倍体分布特点

2.6 小结

第3章 HLA-DQA1、DQB1等位基因多态性统计学分析

3.1 引言

3.2 材料与方法

3.2.1 研究对象

3.2.2 统计学分析

3.3 结果与分析

3.3.1 HLA-DQA1、DQB1等位基因在中国北方和南方人群中的分布比较

3.3.2 HLA-DQA1和HLA-DQB1各等位基因在男性和女性中的分布比较

3.3.3 HLA-DQA1和HLA-DQB1各等位基因在中国各个民族中的分布比较

3.4 讨论

3.4.1 X2检验和Fisher’s确切概率法

3.4.2 各类人群HLA-DQA1和DQB1等位基因分布特征

3.5 小结

第4章 乳糜泻易感基因HLA-DQ2和DQ8单倍体分布特点

4.1 引言

4.2 材料和方法

4.2.1 分析材料

4.2.2 方法

4.3 结果与分析

4.4 讨论

4.4.1 DQ2基因和DQ8基因频率

4.5 小结

第5章 结论与展望

5.1 结论

5.2 建议与展望

致谢

参考文献

攻读学位期间研究成果

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摘要

HLA-Ⅱ类基因分为HLA-DP、HLA-DQ、HLA-DR等亚区,其中HLA-DQA1,HLA-DQB1基因具有高度的多态性。HLA-DQA1和HLA-DQB1基因多态性影响着多种自身性免疫疾病的发生,如,HLA-DQ2基因(DQA1*0501-DQB1*0201)和DQ8基因(DQA1*0301-DQB1*0302)除了与Ⅰ型糖尿病、类风湿性关节炎等有关联外,还是乳糜泻主要的易感基因。因此,本论文工作以全国不同地区不同民族的300个个体为对象,研究HLA-DQA1和-DQB1等位基因及单倍型多态性,旨在分析中国人群的HLA-DQA1和-DQB1等位基因及单倍型的分布特点及HLA-DQ2和DQ8基因的分布情况。本研究包括300个个体血凝块样本的DNA提取、HLA-DQA1和DQB1等位基因的分型、HLA-DQA1和DQB1等位基因及单倍型的频率计算及分布特点分析、单倍型DQA1*0501-DQB1*0201和DQA1*0301-DQB1*0302/3的分布特点分析。研究的主要方法、结果及结论如下:
   ⑴采用离心柱法的血凝块DNA提取试剂盒,从血凝块样本中提取DNA,并运用紫外分光光度计对其纯度和浓度进行鉴定。结果表明,该方法提取的DNA的纯度OD260/OD280在1.6~1.9之间,浓度在0.05~0.5μg/μL之间,DNA纯度和浓度均适用于PCR反应。
   ⑵运用PCR-SSP方法对血凝块中提取的DNA扩增,采用琼脂糖凝胶电泳对扩增产物进行鉴定,用直接计算法计数300个研究对象中携带HLA-DQA1和DQB1各个等位基因的数量,计算各个等位基因的频率,并运用人类遗传学数据分析软件Arlequin计算DQA1-DQB1单倍型频率。结果表明,中国人群HLA-DQA1等位基因中DQA1*0302,DQA1*0501和DQA1*0102的基因频率最高,HLA-DQB1等位基因中DQB1*0301的基因频率最高,单倍型频率较高的为DQA1*0501-DQB1*0301、DQA1*0102-DQB1*0602、DQA1*0102-DQB1*0502、DQA1*0101/4-DQB1*0501、DQA1*0302-DQB1*0302/3。
   ⑶运用统计学软件SPSS对HLA-DQA1和DQB1等位基因的分型结果进行统计学分析,比较以下各个分组的等位基因频率和单倍型频率:北方人群、南方人群;男性、女性;汉族、少数民族;北方汉族与北方少数民族;南方汉族与南方少数民族;北方汉族与南方汉族;北方少数民族与南方少数民族。结果表明, DQA1*0102、DQB1*0502多见于南方人,而DQA1*0201多见于北方人;DQB1*0502在北方汉族和南方汉族中的分布也存在显著性差异,携带该基因的样本多为南方汉族人;DQA1*0102和DQB1*0502在北方少数民族和南方少数民族人群中的分布也有显著性差异,携带这两个等位基因的人都多见于南方少数人群中;汉族和少数民族,北方汉族和北方少数民族,南方汉族和南方少数民族三个分组中,只有DQA1*0401在南方汉族和南方少数民族中的分布存在显著性差异,南方少数民族多于南方汉族;DQB1*0502在男性、女性中的分布差异显著,女性多于男性。
   ⑷运用人类遗传学数据分析软件Arlequin分别计算比较南方和北方人群,汉族和少数民族人群,男性和女性中单倍型DQA1*0501-DQB1*0201和DQA1*0301-DQB1*0302/3的频率,分析其分布特点。结果表明,在南方人群DQA1*0501-DQB1*0201的频率要高于北方人群,而DQA1*0301-DQB1*0302/3的频率则相似。汉族和少数民族人群中,这两个单倍型的频率相近。而女性中这两个单倍型频率都比男性高。

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