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南亚、东南亚普通野生稻与亚洲栽培稻的遗传多样性及其相互关系

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第1章文献综述

1.遗传多样性

2.遗传标记

2.1形态标记

2.2细胞学标记

2.3生化标记

2.4分子标记

3.SSR标记技术在水稻生物学研究中的应用

3.1遗传图谱的构建

3.2功能基因定位和QTL分析

3.3种质资源的保存和利用

3.4分子标记辅助选择育种

3.5品种纯度鉴定

3.6遗传多样性分析

3.7预测杂种优势

4.水稻群体遗传多样性及起源分化研究进展

4.1野生稻与栽培稻及栽培稻内部遗传多样性研究进展

4.2水稻的起源、分化研究进展

5.本研究的主要内容、目的及意义

第2章材料与方法

1.植物材料

2.基因组DNA提取与检测

2.1基因组DNA提取

2.2基因组DNA的检测

3.SSR标记及其分析

3.1引物的设计、合成与PCR扩增

3.2 PCR产物电泳分析

3.3硝酸银染色

4.统计分析

4.1等位基因及等位基因频率

4.2平均基因多样性

4.3多态信息含量

4.4遗传距离与群体间分化系数

第3章结果与分析

1.SSR标记分析

1.1等位基因数

1.2等位基因频率

1.3基因多样性

1.4多态信息含量

2.聚类分析

3.遗传距离与遗传分化

3.1遗传距离

3.2遗传分化与基因流

第4章讨论

1.SSR在水稻分子生物学中的应用实效评估

2.普通野生稻、粳稻和籼稻遗传多样性的比较

2.1普通野生稻与栽培稻遗传多样性比较

2.2籼稻和粳稻遗传多样性比较

2.3遗传分化

3.地理隔离对野生稻基因交流产生的影响

4.影响数据的可靠性因素

第5章结论

致谢

参考文献

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摘要

普通野生稻(以下简称普野)被认为是亚洲栽培稻的祖先,亚洲栽培稻又进一步分化为粳稻和籼稻。关于它们之间的遗传结构和演化关系一直没有定论。本研究采用35对随机分布在12条染色体上的SSR引物,对来源于13个国家的籼稻(28份)、粳稻(15份)及野生稻(37份)进行遗传多样性研究,获得的主要结果如下: 1.野生稻、粳稻和籼稻的遗传多样性。 在野生稻群体中,等位基因数、平均等位基因数、平均基因多样性、平均多态信息含量分别为249、7.11、0.6161、0.5823,籼稻群体中四个参数值分别为137、3.91、0.4001、0.3728,粳稻中的四个参数分别为111、3.17、0.3509、0.3234。由此可知,野生稻群体的遗传多样性水平普遍高于栽培稻,而在栽培稻中,籼稻的遗传多样性水平又要高于粳稻。 2.野生稻、粳稻和籼稻相互关系。 从遗传距离看,南亚、东南亚普野和粳稻遗传距离为0.6712;和籼稻遗传距离为0.3987,粳稻和籼稻遗传距离为0.5721。从遗传分化系数看,野生稻和粳稻的分化系数为0.3222,野生稻和籼稻分化系数为0.2423,粳稻和籼稻的分化系数为0.4091;从基因流看,野生稻和粳稻的基因流值为0.5259,野生稻和籼稻的基因流值为0.7818,粳稻和籼稻的基因流值为0.3611。表明南亚、东南亚普野和籼稻亲缘关系最近,与粳稻亲缘关系较远。水稻中籼粳分化最大,是栽培稻分化的主流。结合本实验室前期所做工作,进一步推测籼稻和粳稻可能为二元起源。

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