应用ABEEMσπ/MM方法计算某些有机分子及多肽分子的总能量并探究丝氨酸二肽和三肽分子的稳定构象

代理获取

页面导航

目录
摘要
著录项
相似文献
相关主题

摘要

本论文的研究主要分为两部分内容:
　　第一部分是应用ABEEMσπ/MM方法快速计算分子的总能量。这种方法是建立在将ABEEMσπ模型与分子力场结合的基础之上的，ABEEMσπ是在σπ水平上的原子键电负性均衡方法。所调节的参数具有一定的一致性和可转移性。本文应用ABEEMσπ/MM方法计算醇类、醛类、酸类和多肽分子的总能量，所得的计算结果与从头算MP2/6-311++G(d，p)方法计算结果非常接近，所得的均方根偏差(RMSD)为2.00kcal/mol，绝对偏差(MAD)为1.45kcal/mol，线性相关系数为1.0000。同时对于不同的同分异构体分子之间，应用ABEEMσπ/MM方法计算所得的能量的相对偏差也与应用从头算MP2/6-311++G(d，p)计算所得的能量的相对偏差非常接近。我们的参数不仅仅适用于只含烷基的醇、醛和酸类分子，对于含有官能团-NO2，-OH，-Ph，-CO的醇、醛、酸类分子也有很好的一致性和可转移性。
　　第二部分是应用ABEEMσπ/MM方法获得丝氨酸二肽和三肽的稳定构象。应用ABEEMσπ/MM方法能够快速获得与应用从头算B3LYP/6-311++G(d，p)方法相同的丝氨酸二肽34种和三肽44种稳定构象，并且与从头算B3LYP/6-311++G(d，p)方法相比，二者所获取的稳定构象的骨架二面角和支链二面角都很接近。而OPLS/AA和AMBER99sb方法都不能获得全部的丝氨酸二肽和三肽的稳定构象。对于丝氨酸二肽，分别应用ABEEMσπ/MM、OPLS/AA和AMBER99sb力场方法所获得的各个稳定构象的二面角φ、ψ、x1和x2与从头算B3LYP/6-311++G(d，p)的结果相比的平均绝对偏差(MAD)分别是4.8°、8.9°和12.0°;对于丝氨酸三肽，应用ABEEMσπ/MM、OPLS/AA和AMBER99sb方法所获得的各个稳定构象的二面角与从头算B3LYP/6-311++G(d，p)结果相比的平均绝对偏差(MAD)分别是2.9°、15.6°和11.0°。
　　因此，ABEEMσπ/MM方法为化学和生物体系开启了一个更广阔的应用前景。

著录项

作者
林小婷;
展开▼
作者单位

辽宁师范大学;

展开▼
授予单位辽宁师范大学;
学科物理化学
授予学位硕士
导师姓名杨忠志;
年度 2016
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类 α-氨基酸、肽类、蛋白质、核酸;
关键词
从头算; 原子键电负性均衡; 多肽分子; 丝氨酸二肽; 总能量; 稳定构象;

相似文献

中文文献
外文文献
专利

1. 利用ABEEM/MM模型对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象的研究 [J] . 张霞 ,张强 ,杨忠志 . 渤海大学学报（自然科学版） . 2006,第004期
2. 应用ABEEMσπ/MM方法计算小分子肽的总能量 [J] . 杨忠志 ,赵洪伟 . 辽宁师范大学学报（自然科学版） . 2011,第003期
3. 应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质 [J] . 卢丽男 ,杨忠志 . 分子科学学报：中英文版 . 2006,第2期
4. 应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能的关系(Ⅲ)——一种获得有机分子优势构象的简单方法 [J] . 严波 . 高等学校化学学报 . 1992,第012期
5. 应用分子图形学、分子力学、量子化学及静电势研究农药分子结构与性能关系(Ⅳ)——应用MMX及构象重叠方法研究磺酰脲类超高效除草剂的构象特征 [J] . 严波 . 高等学校化学学报 . 1993,第011期
6. 含有非天然氨基酸的三肽分子构象的酰胺-Ⅰ带研究 [C] . 韩晨 ,王建平 . 第十六届全国分子光谱学学术会议 . 2010
7. 应用ABEEM σπ/MM方法计算小分子肽及二肽分子不同构象的总能量 [A] . 赵洪伟 . 2011

应用ABEEMσπ/MM方法计算某些有机分子及多肽分子的总能量并探究丝氨酸二肽和三肽分子的稳定构象

目录

摘要

著录项

相似文献

相关主题

期刊订阅