以丙氨酸三肽分子为例探究三肽分子的稳定构象

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本文选取丙氨酸三肽分子作为研究对象，探究快速地确定丙氨酸三肽分子稳定构象的方法.利用高斯软件采用hf/6-31 g(d，p)方法对丙氨酸三肽分子进行势能面扫描，扫描时固定二面角ψ2、Ψ2的度数，对二面角ψ1、Ψ1进行扫描，对结果进行分析，发现当二面角ψ2、Ψ2被固定的角度变化时，扫描二面角ψ1、Ψ1得到的图像趋势大致相同，可知两组二面角之间影响不大.所以在二肽稳定构象的基础上，将丙氨酸三肽分子二面角初始角度设为丙氨酸二肽分子稳定构象角度，这样进行优化可以较快地得到丙氨酸三肽分子的33个稳定构象，优化采用B3 LYP/6-31 g(d，p)方法.在这一基础上，采用同样的方法优化得到其它不同氨基酸三肽分子的稳定构象.
　　ABEEMσπ/MM方法可以快速而准确地计算得到大分子体系的性质，本文在上述方法的基础上，用ABEEMσπ/MM方法优化得到丙氨酸三肽分子及其它不同氨基酸三肽分子的稳定构象，并与从头算B3LYP/6-31 g(d，p)方法进行比较.丙氨酸三肽分子不同稳定构象二面角与从头算结果平均偏差仅为3.79℃;而综合各三肽分子稳定构象二面角与从头算结果平均偏差仅为2.92°，说明ABEEMσπ/MM方法能够精确得出三肽分子稳定构象.分子的总能量是一个十分重要的物理量，本文分别用从头算MP2/6-311++g(d，p)和ABEEMσπ/MM方法计算不同三肽分子的总能量.在用ABEEMσπ/MM方法计算时，重新调节了原子价态能量参数E*i，并将两种方法所得的结果进行了比较，绝对偏差在0.0036kcal/Mol到0.0813 kcal/Mol之间，相对偏差在0.0064×10-6到0.1165×10-6之间;线性相关系数为1，说明ABEEMσπ/MM方法能精确地得出不同氨基酸三肽分子的总能量.

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作者
袁圆;
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作者单位

辽宁师范大学;

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授予单位辽宁师范大学;
学科原子与分子物理
授予学位硕士
导师姓名杨忠志;
年度 2013
页码
总页数
原文格式 PDF
正文语种中文
中图分类肽类;
关键词
势能面扫描; 丙氨酸; 三肽分子; 稳定构象;

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