蛋白质二级结构的预测以及二级结构与三级结构之间关联的探讨

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第一章绪论

1.1引言

1.2国内外研究现状

1.3蛋白质结构数据库

1.4论文的研究内容与安排

第二章理论预测算法

2.1 4肽结构字的定义(TETRA-PEPTIDE STRUCTURAL WORDS)

2.2多样性增量结合二次判别法(IDQD)

2.2.1多样性量和多样性增量

2.2.2二次判别法及其推广式

2.2.3预测的后修正算法

2.3算法的检验和评估

2.3.1检验方法

2.3.2预测性能评估指标

第三章 CB513数据库的二级结构预测

3.1引言

3.2数据库以及二级结构的定义

3.2.1 CBSl3数据库

3.2.2二级结构定义

3.3 CB513数据库的4肽结构字

3.4参数的选取以及算法的实现

3.4.1片段长度的选取

3.4.2 TPIDQD算法的实现

3.5计算结果以及讨论

3.6总结

第四章1645个蛋白数据库的二级结构预测

4.1数据库以及二级结构的定义

4.2 1645个蛋白数据库的4肽结构字

4.3 1645个蛋白的预测结果和讨论

4.3.1短片段中心残基的预测

4.3.2长片段中心残基的预测

4.4结构字的讨论

4.4.1两库中4肽结构字的对比

4.4.2合并两库中的4肽结构字

4.4.3用合并后的4肽结构字做预测

4.5总结

第五章蛋白质二级结构与三级结构之间关联的探讨

5.1引言

5.2资料来源与背景

5.3两个蛋白之间距离的定义

5.4结果与讨论

5.5总结

第六章总结与展望

6.1本文工作总结

6.2工作展望

参考文献

附 录

致谢

攻读硕博连读学位期间发表和完成的论文目录